动物生物化学考研笔记.pdf
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1、 1 动物生物化学 蛋白质的生物学功能 生物催化作用:酶 运输作用:如血红蛋白、转铁蛋白 调节作用:如胰岛素、生长激素 运动作用:如肌动蛋白和肌球蛋白 防御功能:如免疫球蛋白、凝血因子 营养功能:如卵清蛋白、酪蛋白 结构蛋白:如胶原蛋白、角蛋白 能量转换蛋白:如细胞色素 基因调节蛋白:如阻遏蛋白 组成蛋白质的氨基酸种类( 20 种),名称,符号,通式,侧链基团的特征 在中性 pH条件下 按其 R侧链极性和所带电荷的不同,分为四大类 , 不带电荷极性氨基酸 : Gly 甘氨酸 , Ser丝氨酸 , Thr苏氨酸 , Cys半胱氨酸 ,Asn天冬酰胺 ,Gln谷氨酰胺 带负电荷极性氨基酸 : As
2、p精氨酸 , Glu谷氨酸 带正电荷极性氨基酸 : His组氨酸 , Arg精氨酸 , Lys赖氨酸 非极性氨基酸: Ala丙氨酸 , Val缬氨酸 , Leu 亮氨酸 , Ile异亮氨酸 , Pro脯氨酸 , Phe苯丙氨酸 , Trp色氨酸 , Met 甲硫氨酸 氨基酸的两性解离 氨基酸分子在水溶液中呈两性离子状态,在其等电点时,氨基酸所带的正、负电荷相等,净电荷为零。 氨基酸的等电点 对某一种氨基酸而言,当溶液在某一个特定的 pH,氨基酸以两性离子的形式存在,并且其所 带的正电荷数与负电荷数相等,即净电荷为零。在直流电场中,它既不向正极,也不向负极移动。此时溶液的 pH 称为这种氨基酸的
3、等电点( pI)。例如,甘氨酸的羧基的 pK1为 2.34,氨基的 pK2为 9.60,其 pI为 5.97。 肽键( peptide bond)和肽( peptide ) 肽键:指蛋白质分子中,由一个氨基酸的 -COOH 和另一个氨基酸的 -NH2 之间脱水缩合而成2 的酰胺键,它是蛋白质结构中的主要共价键。 肽单位平面与二面角 肽平面( peptide plane):肽链主链的肽键 C-N 具有双键的性质,因而不能自由 的旋转,使连接在肽键上的六个原子共处于一个平面上,此平面称为肽单位平面,又称酰胺平面。通常是反式的。 二面角( dihedral angle) 肽平面的连接处为碳原子。它与
4、相邻的两个参与肽键形成的 C 和 N 原子之间的单键可以在一定范围内转动, C -N 之间称角,在 C -C之间称角,这就是 -碳原子上的一对二面角。这对二面角决定了相邻肽平面的相对位置。 关于蛋白质的构象(空间结构) 蛋白质结构极其复杂,但具有明显的结构层次 一级结构(多肽链上的氨基酸排列顺序) 二级结构(多肽链主链骨架的局部空间结构) 超二 级结构(二级结构单位的集合体) 结构域(多肽链上可以明显区分的球状区域) 三级结构(多肽链上所有原子和基团的空间排布) 四级结构(由球状亚基或分子缔合而成的集合体) 一级结构( primary structure) 即蛋白质的化学结构,是指多肽链上各种
5、氨基酸残基的种类和排列顺序,也包括二硫键的数目。如牛胰岛素的一级结构: 51 个氨基酸, A( 21 肽)、 B( 30 肽)两条肽链, A 链内一对 S-S, A 和 B链间 2对 S-S 蛋白质的高级结构 指一条或数条多肽链上所有原子和基团在三维空间上的排布,即构象( conformation)或空间结构。构象由单键旋转产生的各种立体结构,而构型( configuration )是通过改变共价键形成的结构。 蛋白质的高级结构由明显的结构层次。 一级结构是空间结构的基础。 二级结构( secondary structure) 指多肽链主链在一级结构的基础上进一步的盘旋或折叠,形成的周期性构象
6、,维系二级结构的力是氢键。二级结构主要形式有: -螺旋、 -折叠、 -转角、无规卷曲 超二级结构( super secondary structure) 3 在蛋白质中经常存在由若干相邻的二级结构单元按一定规律 组合在一起,形成有规则的二级结构集合体,超二级结构又称模体( motif)。 结构域( domain) 在较大的蛋白质分子里,多肽链的空间折叠常常形成两个或多个近似球状的三维实体 ,它们之间由舒展的肽链连接。 三级结构( tertiary structure) 指一条多肽链在二级结构(超二级结构及结构域)的基础上,进一步盘绕、折叠而成的具有特定肽链走向的紧密球状结构 , 或者说三级结构
7、是指多肽链中所有原子和基团在三维空间的排布。三级结构的稳定主要靠非共价相互作用 ,S-S 键也发挥重要作用。氨基酸亲水的基团倾向于分布 在分子的表面,疏水的基团在分子的内部。 四级结构( quaternary structure) 多个具有三级结构的多肽链(称亚基, Subunit)的聚合。或者说,四级结构指亚基的种类、数目及各个亚基在寡聚蛋白中的空间排布和亚基之间的相互作用 。四级结构的稳定主要靠是疏水作用力,另外还有离子键、氢键、范德华引力等 。如血红蛋白的四级结构。血红蛋白由 4个亚基组成(2 2),每个亚基都与肌红蛋白非常相似。 非共价键 氢键( hydrogen bonds) 由两个
8、原子来分享一个氢原子,具有高度定向性,一个是氢供体 ,另一个是氢受体 范德瓦尔力( Van der Waals bonds) 一定距离内的原子之间通过偶极发生的相互作用,本质上也是静电引力 疏水力( hydrophobic interaction) 非极性分子或基团在水相环境中相互吸引、聚集的作用力 离子键( ionic bonds) 正、负电荷之间的静电引力 蛋白结构与功能的关系 一级结构与功能的关系 氨基酸组成变化改变其功能 一级结构改变引起分子病 基因突变导致蛋白质一级结构的突变,导致蛋白质生物功能的下降或丧失,就会产生疾病,这种病称为分子病 ( molecular disease)。最
9、早从分子水平证明的先天性遗传病 镰刀形红细胞贫4 血症 (sickle-cell anemia)。 高级结构与功能的关系 变性( denaturation) 是指一些理化因素,如热、光、机械力、酸碱、有机溶剂、重金属离子、变性剂(如尿素等),破坏了维持蛋白质空间构象的非共价作用力,使其空间结构发生改变,结果导致其生物活性的丧失。变性一般并不引起肽键的断裂,但蛋白质的溶解度可能降低,可能凝固和沉淀。变性有时是可逆的。消除变性的因素,有些蛋白质的生物活性可能得以恢复,称为复性 ( renaturation)。如核糖核酸酶RNase的变性与复性。 变构作用( Allosteric effect )
10、是指效应剂(变构剂)作用于多亚基的蛋白质或酶的某个亚基后,导致其构象改变,继而引起其他亚基构象的改变,结果引起蛋白质或酶的生物活性发生变化。有的结果是变构激活,有的则是变构抑制。例如,在血红蛋白中,其 4 个亚基与氧分子的亲和性不同。氧分子与血红蛋白的一个亚基结合(比较难)后,引起其构象发生改变,这种变化在亚基之间传递,从而改变了其他亚基与氧的结合能力,使它们与氧的结合变得容易。其动力学曲线呈 S型。 脱氧核糖核酸, DNA ( Deoxyribonucleic Acid) 在原核细胞是核质的成分,在真核细胞 DNA 与蛋白质结合形成染色体,少量存在于线粒体。一个生命有机体的每个体细胞(除生殖
11、细胞外)都含有相同质和量的 DNA,包含了它的全部遗传信息。 核糖核酸, RNA ( Ribonucleic Acid) 主要存在于胞液内,真核细胞的核仁和线粒体也含有少量 RNA。 RNA的量是变动的。主要有信使RNA( mRNA),转运 RNA( tRNA)和核糖体 RNA( rRNA)。病毒或者是 DNA病毒或者是 RNA病毒。 DNA DNA分子的大小。天然存在的 DNA分子最显著的特点是很长,分子质量很大,一般在 106-1010 。DNA的碱基组成有如下特点:具有种的特异性。没有器官和组织的特异性。 在同一种 DNA中, A=T 、 G = C+m5 C,即 A+G = T+C+m
12、C, 即嘌呤碱基的总摩尔数与嘧啶碱基的总摩尔数相等 碱基当量定律又称 Chargaff原则。年龄、营养状况、环境的改变不影响 DNA的碱基组成。 RNA RNA的碱基组成: A、 G、 C、 U, 含少量的稀有碱基 RNA分子的类型: mRNA、 rRNA、 tRNA mRNA:占细胞中 RNA总量的 3%-5%,分子量大小不一,不稳定,代谢活跃,更新迅速,是合成蛋5 白质的模板。 rRNA:细胞中含量最多的 RNA, 70%-80%, 核糖体的组成成分。 tRNA:约占细胞中 RNA总量的 15%。约由 75-90 个核苷酸组成。蛋白质合成中携带活化的氨基酸 核酸中核苷酸的连结方式 核苷酸之
13、间的连接方式是 3, 5 -磷酸二酯键 DNA的二级结构 DNA分子由两条多聚脱氧核糖核苷酸链 (简称 DNA单链 )组成。两条链沿着同一根 轴平行盘绕,形成右手双螺旋结构。两条链的走向相反。碱基位于螺旋的内侧,磷酸和脱氧核糖基位于螺旋外侧。 螺旋的直径约为 2nm,一圈螺旋包含 10 对碱基,其高度为 3.4nm。碱基平面之间的垂直距离 0.34nm。在 DNA分子中,根据 Chargaff 原则,碱基之间具有严格的互补配对规律, A和 T之间形成两对氢键,G与 C之间形成三对氢键 核酸的性质 紫外吸收的特性:嘌呤和嘧啶在 260 nm有特异的吸收峰 ,这个性质用于核酸的分析 溶解性:溶于偏
14、碱的溶剂中,可以为乙醇沉淀,容易受机械作用力而断裂 黏性 DNA溶液有高度的黏性 DNA分子的变性 DNA双螺旋的有序结构受各种理化因子,如热、酸碱、变性剂、有机溶剂以及稀释的作用,转变为无规则的线团结构。变性的特征 增色效应 , 黏度和比旋下降,沉降系数增加,生物学活性丧失 增色效应 (hyperchromic effect) 核酸分子加热变性时,其在 260nm 处的紫外吸收急剧增加的现象。 Tm值 当紫外吸收变化达到最大变化的半数值时,此时所对应的温度称为熔解温度( Tm )、变性温度或中点解链温度。 影响 Tm 值的因素 1.溶液的性质 2.DNA中碱基组成的影响 复性:变性 DNA分
15、开的两股链 在适当条件下重新生成双链结构的过程 退火( annealing) :热变性的 DNA经缓慢冷却复性的过程。 当两条不同来源的 DNA(或 RNA)链或 DNA链与 RNA链之间存在互补的碱基序列时,在一定条件下可以通过互相配对形成双螺旋分子,这种分子称为杂交分子。形成杂交分子的过程称为分子杂交6 ( molecular hybridization) 。 核酸探针( nucleic acid probe) :某一具有特定序列并且用同位素或其他化学方法标记的 DNA或 RNA片段。通常是人工合成的。 酶的概念 酶是生物催化剂。绝大部分酶 是蛋白质,还有一些核糖核酸 RNA 具有催化作用
16、,称为核酶( ribozyme)。细胞的代谢由成千上万的化学反应组成,几乎所有的反应都是由酶( enzyme)催化的。酶对于动物机体的生理活动有重要意义,不可或缺。酶在生产实践中有广泛应用。 酶的命名 ( 1)习惯命名 依据所催化的底物( substrate)、反应的性质、酶的来源等命名。例如,胃蛋白(水解)酶、碱性磷酸酶。 ( 2)系统命名 根据底物与反应性质命名 反应:葡萄糖 +ATP 葡萄糖 -6-磷酸 +ADP 命名: 葡萄糖: ATP 磷酰基转移酶(习惯名称,葡萄糖激酶) 酶的分类 氧化还原酶 AH2+B A+BH2 转移酶 Ax+C A+Cx 水解酶 AB+H2O AH+BOH 裂
17、解酶 A B+C 异构酶 A B 合成酶 A+B C, 需要 ATP 酶活性 (enzyme activity) 酶活性的表示方法: 酶活性指的是 酶的催化能力,用反应速度来衡量,即单位时间里产物的增加或底物的减少。 V= dP / dt = - dS / dt。测定方法: 吸光度测定、气体分析、电化学分析等。 酶的特点 高效性:酶的催化作用可使反应速度比非催化反应提高 108 -1020 倍。比其他催化反应高 106 -1013倍。例如:过氧化氢分解 2H2O2 2H2O+ O2 Fe3+ 催化,效率为 6 104 mol/mol. s 过氧化氢酶催化,效率为 6 106 mol/mol.s
18、 7 专一性 :即对底物的选择性或特异性。 一种酶只催化一种或一类底物转变成相应的产物。 绝对专一性 一种酶只催化一种底物转变为相应的产物。例如,脲酶只催化尿素水解成 CO2 和 NH3。 相对专一性 一种酶作用于一类化合物或一类化学键。例如,不同的蛋白水解酶对于所水解的肽键两侧的基团有不同的要求。 立体专一性 指酶对其所催化底物的立体构型有特定的要求。例如,乳酸脱氢酶专一地催化 L-乳酸转变为丙酮酸,延胡索酸只作用于反式的延胡索酸(反丁烯二酸)。立体专一性保证了反应的定向进行。 酶的应用 酶基因的缺失引起遗传病酶活性的高低作为疾病诊断指标 酶作为试剂用 于临床检验和科学研究酶和酶的抑制剂作为
19、治疗药物 酶制剂作为饲料添加剂 酶用于食品加工 酶用于工业生产 酶的化学本质 已知的上千种酶绝大部分是蛋白质 单纯酶:少数,例如:溶菌酶(催化水解细菌多糖细胞壁) 结合酶:大多数 结合酶 = 酶蛋白 + 辅因子 辅因子包括 :辅酶、辅基和金属离子。 酶蛋白的作用:与特定的底物结合,决定反应的专一性。 辅酶、辅基的作用:参与电子的传递、基团的转移等,决定了酶所催化反应的性质。有十几种 . 辅酶与辅基的异同点 : 它们都是耐热的有机小分子,结构上常与维生素和核苷酸有关。但 是辅酶与酶蛋白结合不紧,容易经透析除去,而辅基通常与酶蛋白共价相连。 金属离子的作用:它们是酶和底物联系的“桥梁”;稳定酶蛋白
20、的构象;酶的“活性中心”的部分。 酶的活性中心( active site)与酶的催化活性有关的基团称为必需基团 活性中心内的必需基团 必需基团 活性中心外的必需基团 结合基团(与底物结合,决定专一性) 8 活性中心 催化基团(影响化学键稳定性 ,决定催化能力) 酶原激活 无活性的酶原( proenzyme),在特定的条件下,通过部分肽段的有限水解,转变成有活性的酶。如,动物 的消化酶。 活化能 化学反应是由具有一定能量的活化分子相互碰撞发生的。分子从初态转变为激活态所需的能量称为活化能。无论何种催化剂,其作用都在于降低化学反应的活化能,加快化学反应的速度。 中间产物学说 酶介入了反应过程。通过
21、形成不稳定的过渡态中间复合物,使原本一步进行的反应分为两步进行,而两步反应都只需较少的能量活化 ,从而使整个反应的活化能降低。形成过渡态中间复合物是关键。 诱导契合学说( induced fit) 诱导契合学说认为,酶和底物都有自己特有的构象,在两者相互作用时,一些基团通过相互取向,定位以形成 中间复合物。 催化机理 邻近与定向效应:增加了酶与底物的接触机会和有效碰撞。 张力效应:诱导底物变形,扭曲,促进了化学键的断裂。 酸碱催化:活性中心的一些基团,如 His, Asp 作为质子的受体或供体,参与传递质子。 共价催化:酶与底物形成过渡性的共价中间体,限制底物的活动,使反应易于进行。 疏水效应
22、:活性中心的疏水区域对水分子的排除、排斥,有利于酶与底物的接触 温度对酶促反应速度的影响 一般来说,随着温度升高,化学反应的速度加快。在较低温度条件下,酶促反应也遵循这个规律。但是,温度超过一定数值时,酶会因热变 性,导致催化活性下降。 最适温度( optimum T):使酶促反应速度达到最大时的温度。 最适温度因不同的酶而异,动物体内的酶的最适温度在 37 0C -40 0C左右。有的温泉微生物的酶非常耐热,也有的酶在较低的温度下活性反而高。 溶液 pH 值对酶促反应速度的影响 9 最适 pH( optimum pH):使酶促反应速度达到最大时溶液的 pH。酶的最适 pH 与酶的性质、底物和
23、缓冲体系有关。在最适 pH时,酶和底物之间有最好的结合状态。 酶浓度对酶促反应速度的影响 在其他条件确定时,反应速度与酶的浓度成正比。 一个可 以自发进行的反应,其反应终态和始态的自由能的变化( G )为负值。这个自由能的变化值与反应中是否存在催化剂无关。 底物浓度对酶促反应速度的影响 在其他条件确定的情况下,在低底物浓度时,反应速度与底物浓度成正比,表现为一级反应。当底物浓度较高时, v 也随着 S的增加而升高,但变得缓慢,表现为混合级反应。当底物浓度达到足够大时,反应速度也达到最大值( Vmax),此时再增加底物浓度,反应速度不再增加,表现为零级反应。反应速度对于底物浓度的变化呈双曲线,称
24、为米氏双曲线,其数学表达式为米氏方程 . 米氏常数及其意义 由米氏方程可知,米氏常数是反应最大速度一半时所对应的底物浓度 ,即当 v = 1/2Vm时, Km = S 米氏常数 Km=(k-1+k+2)/k+1 在反应的起始阶段, k+2 k-1, m k-1 k+1 平解离 此时, m越大,说明和之间的亲和力越小,复合物越不稳定。 当 m越小时,说明和的亲和力越大,复合物越稳定,也越有利于反应。 米氏常数 m对于酶是特征性的。每一种酶对于它的一种底物只有一个米氏常数。 激活剂对酶促反应速度的影响 金属离子 如 Mg+ 对磷酰基转移酶, Cu+对一些氧化酶, Cl-对淀粉酶有激活作用。一些有机
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