基因组学、生物信息学及高性能计算.ppt
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1、基因组学、生物信息学 及高性能计算,胡松年 中国科学院北京基因组研究所,内容,1. 研究所整体介绍,2.基因组及生物信息基础科研环境,3. 生物信息研究工作,4. 致谢,West 5 Institutes,Shanghai 8 Institutes,Beijing 7 Institutes,Bio-related Institute of CAS,Mid-South 5 Institutes,25 Institutes 19 National Key Labs 15 Botanic Gardens 18 Museums 9 Specimen Depository 13 Observation
2、Stations,3 Mb,30 Mb,400 Mb,3000 Mb,One can certainly do something useful for China,PLoS Biology 2005,Rice Gene Maps,Start from 1999,2007年10月22日,经过2个月的装修和筹备工作,中国科学院北京基因组研究所临时所址落成。,北京基因组所的中心任务,以大规模测序解决重要生物学问题(测序是手段,不是目的)将发现应用到经济和社会发展中 水稻基因组项目 人类转录组研究 肿瘤基因组研究 细菌及微生物研究,内容,1. 研究所整体介绍,2.基因组及生物信息基础科研环境,3.
3、生物信息研究,4. 致谢,基因组学,生物信息学,高性能计算,测序能力,数据产量:1TB/月 (不包括图像文件),454,Solexa GAII,“钓鱼”和“捞鱼”,前基因组时代的“钓鱼”和后基因组时代的“捞鱼”,CPU: 960(core),Aggregation Capabilities:10.2TFLOPS,运算速度快 节点多 单节点内存大(至少24GB/Core) 节点内部网络通路无特殊要求应用(NGS数据分析) 全基因组序列比对分析(BWA,SOAP,Bioscope,Bfast,) 转录组序列比对分析 ,通用高性能集群计算环境,专用计算环境,大内存服务器 128GB/256GB/51
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