欢迎来到麦多课文档分享! | 帮助中心 海量文档,免费浏览,给你所需,享你所想!
麦多课文档分享
全部分类
  • 标准规范>
  • 教学课件>
  • 考试资料>
  • 办公文档>
  • 学术论文>
  • 行业资料>
  • 易语言源码>
  • ImageVerifierCode 换一换
    首页 麦多课文档分享 > 资源分类 > PPT文档下载
    分享到微信 分享到微博 分享到QQ空间

    基因组学、生物信息学及高性能计算.ppt

    • 资源ID:384956       资源大小:6.34MB        全文页数:35页
    • 资源格式: PPT        下载积分:2000积分
    快捷下载 游客一键下载
    账号登录下载
    微信登录下载
    二维码
    微信扫一扫登录
    下载资源需要2000积分(如需开发票,请勿充值!)
    邮箱/手机:
    温馨提示:
    如需开发票,请勿充值!快捷下载时,用户名和密码都是您填写的邮箱或者手机号,方便查询和重复下载(系统自动生成)。
    如需开发票,请勿充值!如填写123,账号就是123,密码也是123。
    支付方式: 支付宝扫码支付    微信扫码支付   
    验证码:   换一换

    加入VIP,交流精品资源
     
    账号:
    密码:
    验证码:   换一换
      忘记密码?
        
    友情提示
    2、PDF文件下载后,可能会被浏览器默认打开,此种情况可以点击浏览器菜单,保存网页到桌面,就可以正常下载了。
    3、本站不支持迅雷下载,请使用电脑自带的IE浏览器,或者360浏览器、谷歌浏览器下载即可。
    4、本站资源下载后的文档和图纸-无水印,预览文档经过压缩,下载后原文更清晰。
    5、试题试卷类文档,如果标题没有明确说明有答案则都视为没有答案,请知晓。

    基因组学、生物信息学及高性能计算.ppt

    1、基因组学、生物信息学 及高性能计算,胡松年 中国科学院北京基因组研究所,内容,1. 研究所整体介绍,2.基因组及生物信息基础科研环境,3. 生物信息研究工作,4. 致谢,West 5 Institutes,Shanghai 8 Institutes,Beijing 7 Institutes,Bio-related Institute of CAS,Mid-South 5 Institutes,25 Institutes 19 National Key Labs 15 Botanic Gardens 18 Museums 9 Specimen Depository 13 Observation

    2、Stations,3 Mb,30 Mb,400 Mb,3000 Mb,One can certainly do something useful for China,PLoS Biology 2005,Rice Gene Maps,Start from 1999,2007年10月22日,经过2个月的装修和筹备工作,中国科学院北京基因组研究所临时所址落成。,北京基因组所的中心任务,以大规模测序解决重要生物学问题(测序是手段,不是目的)将发现应用到经济和社会发展中 水稻基因组项目 人类转录组研究 肿瘤基因组研究 细菌及微生物研究,内容,1. 研究所整体介绍,2.基因组及生物信息基础科研环境,3.

    3、生物信息研究,4. 致谢,基因组学,生物信息学,高性能计算,测序能力,数据产量:1TB/月 (不包括图像文件),454,Solexa GAII,“钓鱼”和“捞鱼”,前基因组时代的“钓鱼”和后基因组时代的“捞鱼”,CPU: 960(core),Aggregation Capabilities:10.2TFLOPS,运算速度快 节点多 单节点内存大(至少24GB/Core) 节点内部网络通路无特殊要求应用(NGS数据分析) 全基因组序列比对分析(BWA,SOAP,Bioscope,Bfast,) 转录组序列比对分析 ,通用高性能集群计算环境,专用计算环境,大内存服务器 128GB/256GB/51

    4、2GB/1TB用途 大基因组拼接 转录组拼接 基于大数据量的功能分析 ,存储资源环境,分级存储 普通存储 + 高性能存储 高性能存储 + 磁带库存储 普通存储 + 高性能存储 + 磁带库存储 基因组所状况 普通存储:700TB(参与小数据计算) 高性能存储:200TB(参与大数据计算) 磁带存储:若干(备份数据),内容,1. 研究所整体介绍,2.基因组及生物信息基础科研环境,3. 生物信息研究工作,4. 致谢,生物信息研究工作,(1) Resequencing,Whole genome sequencing Exon capture sequecing,(2) Assembly,Sequenc

    5、ing Reads Long reads:454、3730 Short reads:Solexa、Solid Hybrid Reads:Long + Short reads Assembly pipeline Reads filtering (QV, adaptor, redundant reads) Reads correction Contig assembly Scaffolding Fix gap,(3) Transcriptome,Basic Analysis Reads filtering Map to genome Map to junction Annotation DEGse

    6、q GO KEGG,Advanced Analysis De novo assembly SNP allele Alternative Splicing Isoform expression Anti-sence RNA ,http:/,(4) microRNA,(5) Methylation,Solexa sequencing Busilfite method Single-end Pair-end Mapping strategy Methylation site Statistical analysis Distribution GC or non-GC,(6) Database and software,Bioinformatics database design and develop Webservice development Software development Lab Information Management System (LIMS) design and develop,http:/,谢谢!,


    注意事项

    本文(基因组学、生物信息学及高性能计算.ppt)为本站会员(bowdiet140)主动上传,麦多课文档分享仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对上载内容本身不做任何修改或编辑。 若此文所含内容侵犯了您的版权或隐私,请立即通知麦多课文档分享(点击联系客服),我们立即给予删除!




    关于我们 - 网站声明 - 网站地图 - 资源地图 - 友情链接 - 网站客服 - 联系我们

    copyright@ 2008-2019 麦多课文库(www.mydoc123.com)网站版权所有
    备案/许可证编号:苏ICP备17064731号-1 

    收起
    展开