GB T 28630.2-2012 白斑综合征(WSD)诊断规程.第2部分:套式PCR检测法.pdf
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1、ICS 65.020.30 B 41 道画中华人民共和国国家标准GB/T 28630.2-2012 白斑综合征(WSD)诊断规程第2部分:套式PCR检测法2012-07-31发布Diagnostic protocols for white spot disease一Part 2 N ested PCR method 中华人民共和国国家质量监督检验检菇总局中国国家标准化管理委员会2012-11-01实施发布GB/T 28630.2-2012 前言GB/T 28630(白斑综合征(WSD)诊断规程分为五个部分:一一第1部分z核酸探针斑点杂交检测法;一一第2部分z套式PCR检测法;第3部分:原位杂交
2、检测法;第4部分z组织病理学诊断法;一一第5部分:新鲜组织的T-E染色法。本部分为GB/T28630的第2部分。本部分按照GB/T1. 1-2009给出的规则起草。本部分由中华人民共和国农业部提出。本部分由全国水产标准化技术委员会CSAC/TC156)归口。本部分起草单位:中国水产科学研究院黄海水产研究所、农业部全国水产技术推广总站。本部分主要起草人:黄佳、杨冰、陈爱平、宋晓玲、史成银、杨丛海、魏琦、刘莉。I GB/T 28630.2-2012 自斑综合征(WSD)诊断规程第2部分:套式PCR检测法警告:使用本标准的人员应有正规实验室工作的实践经验,本标准并未指出所有可能的安全问题。使用者有责
3、任采取适当的安全和健康措施,并保证符合国家有关法规规定的条件。1 范围GB/T 28630的本部分规定了白斑综合征病原的套式PCR检测方法所需试剂与材料、仪器设备、操作步骤和结果判定。本部分适用于在对虾的各种样品、环境生物和饵料生物的各种样品,以及其他各种非生物样品中对自斑综合征病原带毒情况的高灵敏度定性检测,以进行病原筛查和疾病的确诊。本部分单独使用时不适用于对病毒量或感染活性的估测以及宿主感染程度的评估。2 规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文件。凡不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有修改单)适用于本文件。GB/T 2863
4、0.4-2012 白斑综合征(WSD)诊断规程第4部分:组织病理学诊断法3 原理3. 1 自斑综合征的病展和病理学特征见GB/T28630.4-2012的2.103.2 技术原理聚合酶链式反应(po!ymerasechain reaction,PCR)是以待测样品的一段DNA作为模板,以与模板两端序列互补的一对特异性寡核昔酸序列作为引物,在四种脱氧核糖核昔三磷酸存在下,利用依赖DNA的DNA聚合酶的合成作用。经过数十次变性、退火和延伸的反应循环,使模板上介于两个引物-之间的DNA片段得到特异性地级数扩增,再通过电泳等于段检测到被特异性扩增的片段,从而可揭示微量病毒DNA的存在。套式PCR是在第
5、一步PCR扩增的产物内,再用一对引物进行第二步PCR扩增。套式PCR可大大增加PCR检测的灵敏度和反应特异性。4 试剂和材料4. 1 除非另有说明,在分析中仅使用确认为分析纯的化学试剂和蒸懦水或去离子水或相当纯度的水。4.2 元水乙醇。4.3 液体石蜡。4.4 含氧消毒剂z医用品或水产药物。4.5 琼脂糖z电泳级。1 GB/T 28630.2-2012 4. 6 1 kb DNA Marker:生化试剂。4.7 Tris平衡酣(饱和酣):生化试剂。4.8 Taq DNA聚合酶(5U/fLL):生化试剂,一20.C保存。4.9 10XPCR缓冲液z生化试剂,元Mg2+,随TaqDNA聚合酶提供,
6、-20.C保存。4. 10 氯化镜榕液(25mmol/L):生化试剂,一20.C保存。4.11 dNTP:生化试剂,含dATP,dTTP、dGTP和dCTP各10mmol/L的混合物,一20.C保存。4. 12 10 fLmol/L引物F1:5-ACTACTAACTTCAGCCTATCTAG-3,外侧正向引物,用来扩增WSSV DNA的1447 bp产物,一20.C保存。4. 13 10mol/L引物R1:5-T AA TGCGGGTGT AATGTTCTTACGA-3 ,外侧反向引物,用来扩增WSSV DNA的1447 bp产物,-20.C保存。4.14 10mol/L引物F2:5-GTAA
7、CTGCCCCTTCCATCTCCA-3,内侧正向引物,用来从第一步PCR扩增的1447 bp产物中再扩增出941bp的产物,一20.C保存。4. 15 10 fLmol/L引物R2:5-TACGGCAGCTGCTGCACCTTGT-3,内侧反向引物,用来从第一步PCR扩增的1447 bp产物中再扩增出941bp的产物,一20.C保存。4.16 10mol/L引物F3:5-TGCCTTATCAGCTNTCGATTGTAG-3,正向内参照引物,扩增十足类动物DNA中848bp的片段,-20.C保存。4.17 10mol/L引物R3:5-TTCAGNTTTGCAACCATACTTCCC-3,反向内
8、参照引物,扩增十足类动物DNA中848bp的片段,-20.C保存。4.18 20 mg/mL蛋白酶K:见附录A的规定。4.19 TE缓冲破:见附录A的规定。4.20 抽提缓冲液z见附录A的规定。4.21 10 mol/L乙酸镜:见附录A的规定。4.22 酣-三氯甲烧-异戊醇(25: 24 : 1):见附录A的规定。4.23 1X电泳缓冲液z见附录A的规定。4.24 6X载样缓冲液:见附录A的规定。4.25 10 mg/mL澳化乙链(EB)贮存破:见附录A的规定。4.26 70%乙薛z见附录A的规定。4.27 阳性对照为己知受WSSV感染且PCR结果显示明显阳性结果的WSSVDNA模板,一20.
9、C 保存。4.28 阴性对照为已知未受WSSV感染且PCR结果显示阴性结果的对虾组织DNA模板,一20.C 保存。4.29 空白对照以元菌双蒸水为模板。5 器材和设备5.1 PCR仪。5.2 电泳仪z输出直流电压oV600 Vo 5.3 水平电泳槽:50mL500 mL,带有5cm20 cm宽度的凝胶船及相应的样孔梳。5.4 紫外观察仪z可遮挡可见光干扰,在230nm300 nm波长对凝胶发射紫外线,推荐带照相机架。5.5 台式高速离心机:用于PCR前区对1.5 mL塑料微量离心管离心,转速可达12000 r/min以上。5.6 手掌型离心机t用于PCR后区对0.2mL PCR管的离心,塑料转
10、头,转速2000 r/min 4000 r/min o 5. 7 水浴锅。G/T 28630.2-2012 5.8 普通冰箱:具冷藏箱,并带18 .C以下冷冻箱体。5.9 微量移液器z量程o.5L10L、5L40L、40L200L、200Ll000L各4支,应按洁净区、样品区、扩增区和电泳区分为4套隔离使用。5. 10 电炉或微波炉等其他加热设备z可满足10mL50 mL液体在三角烧瓶中加热20mino 5. 11 三角烧瓶:容量100mL250 mLo 5. 12 灭菌0.2mL PCR管:经高压蒸汽灭菌,一次性使用。5. 13 微量移液器枪头:与各种规格的微量移液器配套使用,经高压蒸汽灭菌
11、,并一次性使用。5. 14 医用剪刀。5. 15 医用慑子。5. 16 玻璃研磨棒或塑料研磨棒z用于在1.5 mL塑料离心管中研磨样品。5.17 1. 5 mL塑料微量离心管z经高压蒸汽灭菌,一次性使用。5. 18 塑料或乳胶手套:一次性使用。5. 19 吸水纸。6 操作步黯6. 1 准备PCR的反应体系6.1.1 PCR反应体系的准备应在洁净区完成。6.1.2 第一步PCR的反应体系中使用引物F1和R1,模板为抽提的样品DNA,其反应预混物见表10表1100份第一步PCR的反应预混物所需试剂组成试剂25L体系50L体系100L体系试剂终浓度10XPCR缓冲液(无Mg2+)250L 500L
12、1000L 1XPCR缓冲液(元Mg2+)氯化侯溶液(25mmol/L) 150L 300L 600L 1. 5 mmol/L dNTP 50L 100L 200L 200mol/L 10mol/L弓|物F1250L 500L 1000L 1mol/L 10mol/L引物R1250L 500L 1000L 1mol/L 灭菌双蒸水1440L 2880L 5 760L Taq DNA聚合酶(5U/L) 10L 20L 40L 0.02 U/L 100份反应预混物总体积2400L 4800L 9600L 注:25L体系模板量1L/反应管;50L体系模板量2L/反应管;100L体系模板量4L/反应管
13、。6. 1.3 第二步PCR的反应体系中使用引物F2和R2,其反应预混物见表20表2100份第二步PCR的反应预混物所需试剂组成试剂25L体系50L体系100L体系试剂终浓度10XPCR缓冲液(元Mg2+)250L 500L 1000L 1XPCR缓冲液(元Mg2+)氯化侯溶液(25mmol/L) 150L 300L 600L 1. 5 mmol/L dNTP 50L 100L 200L 200mol/L 10mol/L引物F2250L 500L 1 000L 1mol/L 3 GB/T 28630.2-2012 表2(续)试jfIJ 25L体系50L体系100L体系试剂终浓度10mol/L引
14、物R2250L 500L 1 000L 1mol/L 灭菌双蒸水1 290L 2580L 5 160L TaqDNA聚合酶(5U/L) 10L 20L 40L 0.02 U/L 100份反应预混物总体积2250L 4 500L 9000L 注:25L体系模板量2.5L/反应管;50L体系模板量5L/反应管;100L体系模板量10L/反应管。L一一6. 1. 4 按照所需的反应体系,根据近期工作量的需要,在洁净区分别配制好100份1000份第一步PCR和第二步PCR的元TaqDNA聚合酶的反应预混物,按10份/支100份/支对两步的元酶反应预混物分别分装,冻存于一20.C。6.1.5 检测前,在
15、洁净区取出所需份数的第一步PCR和第二步PCR的无酶预提物解冻,按比例分别加人所需的Taq酶量,混匀即为完全的第一步PCR和第二步PCR反应预混合物,再按1份/支将预混合物分别分装到0.2mLPCR管中,由匀。若PCR仪没有热盖功能,则再于各管中加人50L液体石蜡。将分装好的两步PCR的反应预混物同时带入样品区待用。6.2 样晶准备6.2.1 样品的处理应在样品区完成。6.2.2 样品采集的要求见GB/T28630.4一2012中附录B的规定。6.2.3 活体或冰冻幼体、仔虾及幼虾个体样品约5mg100 mg (去掉幼虾眼)。活体或冰冻的成虾鲍、胃、游泳足或步足样品约5mg100 mgo活体或
16、冰冻饵料生物样品约5mg100 mgo池底表土样品约500mg。6.2.4 将上述待检样品放人灭菌1.5 mL微型离心管中,应避免各样品间的交叉污染。所有非次性使用的样品处理工具要经清洗,然后浸于新配制的有效氯含量为3.0X10-3的含氯消毒剂中5min,经无PCR产物污染的自来水充分清洗,再经蒸馆水淋洗后方可用于下一个样品。6.3 DNA的提取6.3.1 样品DNA的提取应在样品区完成。6.3.2 在样品剪碎后加人抽提缓冲液500L,用研磨棒充分研磨,37.C温洛1ho 6.3.3 加人2.5L20 mg/mL蛋白酶K,至终故度100g/mL,混匀后置于50.C水浴3h,不时旋动。6.3.4
17、 将溶液冷却至室温,加人等体积平衡酣,颠倒海合10min,于10000 r/min离心3min分离两相。6.3.5 水相移至新塑料微量离心管中,加人等体积酣-三氯甲烧-异戊醇,颠倒混合10min,于10000r/ mln离心1min分离两相。6.3.6 水相移至一新灭菌微型离心管中,加入等体积三氯甲烧-异戊醇(24: 1),颠倒混合10min,于10 000 r/min离心1min分离两相。6.3.7 水相移至一新灭菌微型离心管中,加人100L10 mo1/L乙酸镜,混匀后,再加人两倍体积预冷元水乙醇(一20.C)混匀,-20.C放置2h. 10 000 r/min离心10min,弃上清。6.
18、3.8 用70%乙醇洗涤沉淀2次,每次10000 r/min离心5min,小心倾去上清,最后沉淀于室温晾干。6.3.9 沉淀晾干后加入100L灭菌双蒸水溶解DNA。GB/T 28630.2-2012 6.3. 10 若DNA样品应保存,建议溶解于100LTE缓冲液中并保存于一20.C。6.4 DNA提取质量及体质监控6.4. 1 参照表1的PCR反应预混物体系,引物使用10mol/L引物F3和10mol/L引物R3按6.5.1.5程序进行样品提取质量及反应体系监控。6.5 套式PCR操作6.5. 1 第一步PCR6.5. 1. 1 以下一个步骤的操作应在样品区完成。6.5.1.2 对每份样品用
19、单独的枪头定量吸取待测模板,待测模板除抽提的样品DNA外,同时设阳性对照、阴性对照和以无菌双蒸水为模板的对照。分别将各模板溶液加到各支己加有第一步PCR反应预混物的0.2mL PCR管的管盖上,盖严管盖。6.5.1.3 以下两个步骤的操作只能在扩增区完成。6.5.1.4 将PCR管带人扩增区,放入90.C预热的PCR仪中,预热反应预混合物2min.逐一快速取出PCR管在手掌型离心机上离心1s2 s,立即放回预热的PCR仪上。盖上PCR仪的盖子。6.5. 1. 5 按以下程序进行扩增:94 .C 4 min、55.C 1 min、72.C 2 min,l个循环;94 .C 1 min、55.C
20、1 min、72.C 2 min,39个循环;72.C延伸5min. 4 .C保温。6.5.2 第二步PCR6.5.2.1 在进行6.5.1.4步的同时,将已准备好的第二步PCR反应预混物的反应管带人扩增区。6.5.2.2 在扩增区,根据所选取的反应体系的总体积,分别从第一步的各PCR管中取相应体积的模板,加到第二步PCR预混物各管的管盖上。应小心操作,防止各样品间交叉污染。6.5.2.3 将第二步的各PCR管放入90.C预热的PCR仪中,预热反应预混合物2min。逐一快速取出PCR管在手掌型离心机上离心1s2 s,立即放回预热的PCR仪上。盖上PCR仪的盖子。按照与第一步PCR相同的扩增循环
21、的程序进行扩增。扩增完毕的PCR管只能在电泳区打开。6.6 PCR产物的分析6.6. 1 琼脂糖凝肢的制作6. 6. 1. 1 在电泳区用1X电泳缓冲液配制1.5%的琼脂糖凝肢,建议于三角烧瓶中配制,在电炉上或微波炉中加热至溶液完全透明(为避免煮沸时液体外溢,胶液体积应少于容器体积的1/的。待溶液冷却至60.C左右,加入10mg/mL澳化乙链CEB,有毒)至终浓度O.5g/mL,摇匀。6.6. 1. 2 将凝胶液缓缓倒入设置好样孔梳和防漏条/套的水平放置的凝胶船,胶液厚度O.6 cm 0.8 cm.样孔梳底部水平深入凝肢层约O.3 cmO. 5 cm,并距凝肢底部0.2cm,以免穿透。6.6.
22、 1.3 待凝胶完全凝固后,小心拔掉样孔梳,去掉防漏条/套,即可用于电泳。6.6.2 电泳6.6.2.1 将制备好的琼脂糖凝胶连同凝胶船一起装人水平电泳槽,加样孔朝负极,加入1X电泳缓冲液至没过胶面约1mm2 mm的深度。6.6.2.2 将10L第二步和第二步PCR反应产物分别与2L6X载样缓冲液混匀后加入到加样孔中。同时至少设一个泳道加人5L1 kb DNA Marker的载样混合物。6.6.2.3 盖上电泳槽并通电,使DNA由阴极向阳极移动。在1V/cm5 V/cm的电压下电泳约1h , 当载样缓冲液中的澳酣蓝指示剂的色带迁移至琼脂糖凝肢的l/22/3处时停止电泳,将凝胶置于紫外观察仪上观
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