DB15 T 4511-2026 绒山羊分子标记辅助选择与基因组选择育种技术规程.pdf

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1、 ICS 65.020.30 CCS B 40 15 内蒙古自治区地方标准 DB15/T 45112026 绒山羊分子标记辅助选择与基因组选择 育种技术规程 Technical code of practice of molecular marker-assisted selection and genomic selection breeding for cashmere goats 2026-09-10 发布2026-10-10 实施内蒙古自治区市场监督管理局发 布 DB15/T 45112026 I 前言 本文件按照GB/T 1.12020标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草

2、规则的规定起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由内蒙古自治区农牧厅提出。本文件由内蒙古自治区畜牧业标准化技术委员会（SAM/TC 19）归口。本文件起草单位：内蒙古农业大学、内蒙古自治区农牧业科学院、内蒙古北平纺织有限责任公司二狼山牧场、乌兰察布职业学院、乌拉特中旗绿色产业发展中心、内蒙古亿乘畜牧业有限责任公司、乌兰察布医学高等专科学校。本文件主要起草人：张燕军、胡路锋、吴铁成、戎友俊、尚方正、王瑞军、刘斌、王乐乐、苏蕊、王志英、韩明轩、张铭珠、敖晓芳、刘俊阳、王涛、乌兰花、杨燕、齐云鹏、张介铭、冀北平、乌力吉毕力格、郭梦雨。DB15/T 45

3、112026 1 绒山羊分子标记辅助选择与基因组选择育种技术规程 1 范围 本文件规定了绒山羊分子标记辅助选择与基因组选择育种技术的基本要求。本文件适用于绒山羊种羊场开展分子标记辅助选择与基因组选择育种工作。2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中，注日期的引用文件，仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T 34796 水溶液中核酸的浓度和纯度检测 紫外分光光度法 GB/T 42060 医学实验室 样品采集、运送、接收和处理的要求 NY/T 1236 种羊生产性能测定技术规范 3 术

4、语和定义 下列术语和定义适用于本文件。分子标记辅助选择 molecular marker-assisted selection 利用与目标性状紧密连锁的DNA分子标记，来间接选择优良个体的育种方法。基因组选择 genomic selection 利用覆盖于全基因组的分子标记，对畜禽个体进行全面的遗传评估，并据此选择优良种用个体的育种方法。参考群 reference population 在基因组选择中，指同时具备表型数据和基因型数据的群体。候选群 candidate population 在基因组选择中，指仅需测定基因型数据（无需表型数据）的待评估群体。DB15/T 45112026 2 基因

5、组估计育种值 genomic estimated breeding value 利用覆盖全基因组的分子标记信息，通过统计模型对个体所有遗传效应进行累加计算，得出个体的遗传潜力预测值。4 基本要求 生产性能测定 按照NY/T 1236的规定执行。系谱信息检查 系谱信息应进行完整性和逻辑一致性检查。剔除个体编号重复、父本和母本记录错误或颠倒、个体在系谱结构中互为祖先与后代、其他明显不符合系谱逻辑关系的数据。基因型测定 4.3.1 样品采集、保存 样本包括血液、耳组织等可提取DNA的生物样品。样品采集和保存按照GB/T 42060的规定执行。4.3.2 基因组 DNA 提取与检测 从生物样品中提取D

6、NA，所提取的DNA质量符合基因分型检测的要求。DNA浓度和纯度的检测方法和要求按照GB/T 34796的规定执行。4.3.3 基因分型 采用基因测序、基因芯片、基因组测序方式对个体进行基因分型。4.3.4 基因型数据质量控制 采用Plink软件进行基因型数据质控，剔除以下不符合要求的个体及SNP：基因型检出率98%的个体；SNP检出率98%、最小等位基因频率（MAF）5%、哈代温伯格平衡（HWE）检验P值10-6的SNP。分子标记辅助选择 选取与目标性状显著关联的SNP位点作为辅助选择依据，通过鉴定个体对应SNP位点的基因型，筛选优良基因型个体作为育种亲本，从而定向改良后代目标性状。显著SN

7、P位点信息详见附录A。基因组选择 4.5.1 参考群构建 选择具有基因组信息、表型信息准确，群体结构合理的适宜规模同品种羊构建参考群。若单个羊场无法满足参考群建立的规模要求，可联合多个羊场或育种单位来构建参考群。4.5.2 基因组育种值估计 利用基因组育种值主流预测软件，通过GBLUP、ssGBLUP等模型预测基因组育种值，采用5倍交叉验证评估模型的预测准确性。GBLUP、ssGBLUP模型参见附录B，模型验证方法参见附录C。DB15/T 45112026 3 4.5.3 候选群的选留 4.5.3.1 基因型测定 基因型测定按照4.3的规定执行。4.5.3.2 基因组育种值估计 将候选群个体的

8、基因分型数据代入4.5.2中建立的育种值预测算法模型，获得候选群个体的基因组估计育种值。4.5.3.3 个体选留 根据育种值大小、近交系数大小等因素评估，选留种用个体。近交系数的计算要求按照附录D执行。DB15/T 45112026 4 A A 附录A （资料性）绒山羊目标性状相关的显著 SNP 分子标记信息 绒山羊目标性状相关的显著SNP分子标记信息见表A.1。表A.1 绒山羊目标性状相关的显著 SNP 分子标记信息 目标性状 SNP 位点信息 突变类型 效应值 P 值 产绒量 chr1_133340208 TG 134.204 1.1002E-07 产绒量 chr6_3398555 CT

9、97.5493 4.36438E-07 产绒量 chr6_114932667 GC 90.9386 8.53626E-07 产绒量 chr7_100291226 TC-92.0983 7.17202E-07 产绒量 chr7_100293016 AG-92.0983 7.17202E-07 产绒量 chr7_100300867 GA-92.0983 7.17202E-07 产绒量 chr7_100301174 GA-92.0983 7.17202E-07 产绒量 chr7_102631194 AG-74.9016 8.75073E-07 产绒量 chr9_1037676 AC-102.642

10、4.91578E-07 产绒量 chr9_1038397 CT-102.642 4.91578E-07 产绒量 chr9_1322117 CA-130.37 1.56229E-07 产绒量 chr9_1328342 GA-130.37 1.56229E-07 产绒量 chr9_1622595 CG-113.226 3.17596E-07 产绒量 chr9_1624552 TG-116.177 1.06714E-07 产绒量 chr9_1625830 GA-115.224 2.36643E-07 产绒量 chr9_1627029 GA-116.177 1.06714E-07 产绒量 chr9_1

11、627149 CT-122.83 4.71159E-09 产绒量 chr9_1627193 CA-122.83 4.71159E-09 产绒量 chr9_1627936 TC-116.177 1.06714E-07 产绒量 chr9_1627970 TC-115.224 2.36643E-07 产绒量 chr9_1628474 CA-116.177 1.06714E-07 产绒量 chr9_2055327 AC-111.646 4.46219E-07 产绒量 chr9_2058825 GA-112.124 4.74095E-07 产绒量 chr9_2059470 CT-112.124 4.74

12、095E-07 产绒量 chr9_2059934 TC-112.124 4.74095E-07 产绒量 chr10_82715068 TC-55.6385 4.83934E-07 产绒量 chr29_38178615 GA-126.22 7.77527E-07 产绒量 chr29_38178652 GA-131.166 3.66641E-07 绒细 chr1_124483769 CT-0.234701 6.64118E-07 绒细 chr2_128598723 CA-0.499809 9.58969E-07 绒细 chr3_111619565 CT 0.359563 3.94329E-07 D

13、B15/T 45112026 5 表A.1 绒山羊目标性状相关的显著SNP分子标记信息（续）目标性状 SNP 位点信息 突变类型 效应值 P 值 绒细 chr4_63539664 GA 0.402986 2.60757E-07 绒细 chr5_82683 AG-0.548592 2.61914E-07 绒细 chr6_30455840 TC 0.51194 8.36107E-07 绒细 chr6_30463541 AT 0.51194 8.36107E-07 绒细 chr6_30464639 AG 0.51194 8.36107E-07 绒细 chr6_30467066 GA 0.51194

14、8.36107E-07 绒细 chr6_48834860 CT-0.242308 8.69847E-07 绒细 chr6_48839975 AG-0.240903 9.3506E-07 绒细 chr6_48845475 CA-0.281883 2.21785E-08 绒细 chr6_48845609 CT 0.253529 7.24053E-07 绒细 chr6_48845801 TA-0.283724 1.93617E-08 绒细 chr6_48845806 AG-0.283724 1.93617E-08 绒细 chr6_48850615 GA 0.279681 6.00824E-07 绒细

15、 chr6_48850875 AG 0.297407 1.08073E-08 绒细 chr6_48851649 TG 0.29612 1.12097E-08 绒细 chr6_48851736 AG 0.289689 2.82175E-07 绒细 chr6_48852274 AG 0.289993 2.00987E-08 绒细 chr6_48853045 TC 0.288017 2.72224E-07 绒细 chr6_48854326 GA 0.27573 3.47602E-08 绒细 chr6_48854946 GT 0.291752 1.92579E-07 绒细 chr6_48854986

16、AG 0.286696 1.49704E-08 绒细 chr6_48855573 AG 0.296952 1.39633E-07 绒细 chr6_48856039 AG 0.280151 5.40789E-07 绒细 chr6_48857532 TA 0.279119 5.99568E-07 绒细 chr6_63639667 CT 0.435983 5.77681E-07 绒细 chr6_64623978 TC 0.393172 7.45874E-07 绒细 chr6_64624254 GA 0.410382 2.72887E-07 绒细 chr7_10569445 CT-0.58735 1.

17、07832E-09 绒细 chr7_10569447 CT-0.514891 3.02897E-08 绒细 chr8_5264125 AG 0.517673 7.23629E-07 绒细 chr9_25001979 CG 0.274841 8.52591E-07 绒细 chr10_10834113 CG 0.259097 9.18427E-07 绒细 chr14_5228982 CG 0.277451 9.3957E-07 绒细 chr18_2201165 CA 0.481573 1.69188E-07 绒细 chr21_49120096 CA-0.545172 5.33483E-07 体重

18、chr1_135894151 AG 1.84103 3.40127E-07 体重 chr2_40779925 GC-0.915064 9.94573E-07 体重 chr2_40786797 AG-0.915064 9.94573E-07 DB15/T 45112026 6 表A.1 绒山羊目标性状相关的显著SNP分子标记信息（续）目标性状 SNP 位点信息 突变类型 效应值 P 值 体重 chr2_40788318 CT-0.915064 9.94573E-07 体重 chr2_40788338 GA-0.915064 9.94573E-07 体重 chr2_84197799 GA 1.68

19、872 9.67656E-07 体重 chr2_84199224 AC 1.68872 9.67656E-07 体重 chr2_84205973 GA 1.68563 6.72956E-07 体重 chr2_84220465 GA 1.68563 6.72956E-07 体重 chr2_84226486 GA 1.68563 6.72956E-07 体重 chr2_84230899 CT 1.68563 6.72956E-07 体重 chr2_84248985 AG 1.65911 8.25305E-07 体重 chr6_83537014 GA-0.799339 9.91033E-07 体重

20、chr9_90404855 CT 1.63306 6.21232E-09 体重 chr9_90404860 TG 1.52992 2.30092E-07 体重 chr10_88442808 GA-0.999367 6.22325E-07 体重 chr10_88442873 AC-0.984161 9.09064E-07 体重 chr11_22549833 CT 1.21718 2.24804E-07 体重 chr11_22549893 TC 1.25896 4.13528E-07 体重 chr11_22560596 GA 1.30635 4.52047E-07 体重 chr11_2339340

21、7 CA 1.23448 4.61753E-07 体重 chr17_355945 GA 2.03604 1.8204E-07 体重 chr19_25475394 AG 1.50673 8.55193E-07 体重 chr19_34727083 AC 1.68985 3.37874E-08 体重 chr21_39234697 CA 1.98238 3.78797E-07 DB15/T 45112026 7 B B 附录B （资料性）育种值计算模型 采用GBLUP、ssGBLUP模型估计基因组育种值，混合模型通用形式见公式（B.1）：=+(B.1)式中：y目标性状表型值向量；X固定效应的结构矩阵；

22、固定效应向量（包含场、年、季、性别、年龄等非遗传固定因素）；Z个体加性遗传效应对应的结构矩阵；个体加性遗传效应向量；GBLUP 模型：aN(0,Ga2)，G 为基因组关系矩阵，a2为遗传方差；ssGBLUP 模型：aN(0,Ha2)，H 为整合系谱与基因组信息的联合关系矩阵；e随机残差效应向量。若考虑母体效应，模型扩展为公式（B.2）：=+(B.2)式中：y目标性状表型值向量；X固定效应的结构矩阵；固定效应向量（包含场、年、季、性别、年龄等非遗传固定因素）；Z个体加性遗传效应对应的结构矩阵；个体加性遗传效应向量；GBLUP 模型：aN(0,Ga2)，G 为基因组关系矩阵，a2为遗传方差；ssG

23、BLUP 模型：aN(0,Ha2)，H 为整合系谱与基因组信息的联合关系矩阵；W母体加性遗传效应的结构矩阵；m母体加性遗传效应向量；Q母体永久环境效应的结构矩阵；c母体永久环境效应向量；e随机残差效应向量。DB15/T 45112026 8 C C 附录C （资料性）模型验证方法 C.1 采用交叉验证评估模型预测准确性：a)将参考群随机均分为若干个亚群；b)每次以 1 个亚群为验证集，其余亚群为训练集，迭代计算育种值；c)以预测育种值与校正表型值的相关系数作为准确性判定指标。C.2 预测准确性阈值：d)产绒量0.40；e)绒细度0.40；f)体重0.30。DB15/T 45112026 9 D D 附录D （规范性）近交系数计算 Wright近交系数见公式（D.1）：=()1+2+1 (1+)(D.1)式中：FX个体 X 的近交系数；对所有共同祖先求和；n1父亲到共同祖先的世代数；n2母亲到共同祖先的世代数；FA共同祖先自身的近交系数，无近交时FA=0。群体平均近交系数见公式（D.2）：=1 (D.2)式中：F群体平均近交系数；Fi第 i 个个体的近交系数；N 群体内个体总数。