DB5306 T 71-2021 昭通市马铃薯品种真实性和种薯纯度鉴定DNA分子标记.pdf
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1、DB5306昭 通 市 地 方 标 准DB5306/T71 2021昭 通 市 马 铃 薯 品 种 真 实 性 和 种 薯 纯 度 鉴 定DNA分 子 标 记 2021 - 03 - 31发 布 2021 - 04 - 16实 施昭 通 市 市 场 监 督 管 理 局 发 布 ICS 65.020.20B 00 DB5306/T71 2021 I 前 言本 文 件 按 照 GB/T 1.1-2020 标 准 化 工 作 导 则 第 1部 分 : 标 准 化 文 件 的 结 构 和 起 草 规 则 给 出 的 规则 起 草 。本 文 件 由 昭 通 市 农 业 科 学 院 提 出 。本 文 件
2、由 昭 通 市 农 业 农 村 局 归 口 。本 文 件 起 草 单 位 : 昭 通 市 农 业 科 学 院 、 云 南 师 范 大 学 。本 文 件 主 要 起 草 人 : 李 周 、 胡 祚 、 李 灿 辉 、 刘 小 红 、 杨 健 康 、 王 韵 雪 、 李 志 芹 、 余 进 隆 、 李 怀 龙 、肖 德 琴 、 杨 菊 、 王 晓 娇 。 DB5306/T71 2021 1 昭 通 市 马 铃 薯 品 种 真 实 性 和 种 薯 纯 度 鉴 定 DNA 分 子 标 记1 范 围本 文 件 规 定 了 昭 通 市 DNA 分 子 标 记 鉴 定 马 铃 薯 ( Solanum tub
3、erosum L.) 品 种 的 方 法 。本 文 件 适 用 于 昭 通 市 马 铃 薯 品 种 真 实 性 鉴 定 和 种 薯 纯 度 检 测 。2 规 范 性 引 用 文 件下 列 文 件 中 的 内 容 通 过 文 中 的 规 范 性 引 用 而 构 成 本 文 件 必 不 可 少 的 条 款 。 其 中 , 注 日 期 的 引 用 文 件 ,仅 该 日 期 对 应 的 版 本 适 用 于 本 文 件 。 凡 是 不 注 日 期 的 引 用 文 件 , 其 最 新 版 本 ( 包 括 所 有 的 修 改 单 ) 适 用 于 本 文 件 。GB 18133 马 铃 薯 种 薯GB/T 2
4、8660 马 铃 薯 种 薯 真 实 性 和 纯 度 鉴 定 SSR 分 子 标 记3 术 语 和 定 义下 列 术 语 和 定 义 适 用 于 本 文 件 。3.1 毛 细 管 电 泳是 一 类 以 毛 细 管 为 分 离 通 道 、 以 高 压 直 流 电 场 为 驱 动 力 的 新 型 液 相 分 离 技 术 。3.2 DNA 分 子 标 记能 反 映 生 物 个 体 或 种 群 间 基 因 组 中 某 种 差 异 的 特 异 性 DNA 片 段 。 3.3 标 准 品 种取 得 中 华 人 民 共 和 国 农 业 农 村 部 非 主 要 农 作 物 品 种 登 记 证 书 的 马 铃
5、薯 品 种 。4 仪 器 用 具 、 试 剂 和 软 件4.1 仪 器 及 用 具 PCR 仪 ( 96 孔 , 梯 度 ) 低 温 高 速 离 心 机 ( 4 , 16000rpm/min) 冰 箱 ( -20 , -80 ) 制 冰 机 (200kg-300kg/天 ) 高 压 灭 菌 器 ( 121 , 0.15 MPa) 微 量 移 液 器 ( 0.5L 10L、 10L 100L、 100L 1000L) 及 配 套 的 枪 头 凝 胶 成 像 仪 DB5306/T712021 2 电 泳 仪 水 平 电 泳 槽 基 因 分 析 仪 ( Genetic Analyzer, ABI 3
6、500/3730 xl 系 列 ) 紫 外 可 见 分 光 光 度 计 ( 190 nm-1100 nm) 0.2 mL PCR 管 96 孔 测 序 板 石 英 比 色 皿4.2 试 剂 常 用 贮 备 液 制 备 方 法 见 附 录 A DNA 提 取 试 剂 制 备 方 法 见 附 录 B DNA 分 子 标 记 引 物 见 附 录 C Taq DNA 聚 合 酶 ( Taq DNA polymerase) 和 配 套 的 PCR 缓 冲 液 1000 bp DNA Marker 无 DNA 酶 的 RNA 酶 A( DNase-free RNase A) ( 10 mg/mL) 异 丙
7、 醇 乙 醇 ( 70%) 灭 菌 双 蒸 水 ( ddH2O) 甲 酰 胺 ( HIDI) 分 子 量 内 标 ( GeneScan 500LIZ) 核 酸 染 料4.3 软 件 Data Collection 4.0( ABI) GeneMarker 2.09( ABI) GeneMapper 4.0( ABI) Microsoft Excel( Microsoft corporation)5 供 试 材 料5.1 取 样 : 按 照 GB 18133 取 样 所 述 方 法 进 行 , 采 集 大 田 植 株 叶 片 或 块 茎 作 为 检 测 样 品 。5.2 样 品 保 存 : 选
8、取 适 量 样 品 , 装 入 冻 存 管 , 液 氮 速 冻 , 置 冰 箱 ( -80 以 下 ) 中 保 存 备 用 ( 有 效 保 存期 小 于 等 于 6 个 月 ) 。6 鉴 定 程 序6.1 总 DNA 提 取6.1.1 称 取 100mg 待 测 样 品 , 置 于 预 冷 2.0mL 离 心 管 中 , 液 氮 冷 冻 下 迅 速 研 磨 成 细 粉 。 6.1.2 依 次 加 入 700L 的 两 倍 十 六 烷 基 三 甲 基 溴 化 铵 缓 冲 液 ( CTAB 缓 冲 液 ) ( 见 附 录 B 表 B.1) 和 2L的 -巯 基 乙 醇 涡 旋 混 匀 , 置 65
9、 水 浴 1 h, 期 间 每 隔 10min 摇 动 混 匀 一 次 。6.1.3 冰 上 冷 却 约 10min 后 , 加 入 700L 的 氯 仿 : 异 戊 醇 ( 24:1) 混 合 液 ( 见 附 录 B 表 B.2) , 涡 旋 混合 , 轻 缓 颠 倒 混 匀 数 次 。 DB5306/T71 2021 3 6.1.4 12000 rpm 离 心 5min, 吸 取 上 层 水 相 至 新 1.5mL 离 心 管 中 , 加 入 等 体 积 ( 400L 500L) 的 预 冷异 丙 醇 , 轻 缓 颠 倒 混 匀 。6.1.5 4 冰 箱 静 置 30min 后 , 120
10、00rpm 离 心 15min, 弃 上 清 液 。6.1.6 向 离 心 管 中 加 入 70%乙 醇 1.0 mL, 静 置 3 min 后 , 12000rpm 离 心 20min。6.1.7 小 心 倒 出 70%乙 醇 , 再 加 入 90%乙 醇 1.0 mL, 静 置 5 min 后 , 12000rpm 离 心 10min, 小 心 倒 去 乙醇 。6.1.8 在 干 净 的 吸 水 纸 上 倒 置 离 心 管 , 自 然 干 燥 15min。6.1.9 加 入 100L 的 1TE 缓 冲 液 , 将 十 倍 三 羟 甲 基 氨 基 甲 烷 -乙 二 胺 四 乙 酸 缓 冲
11、液 ( EDTA 缓 冲 液 ) ( 见附 录 B 表 B.3) 稀 释 10 倍 并 灭 菌 溶 解 DNA, 再 加 入 2L 的 无 DNA 酶 的 RNA 酶 A( 10 mg/mL) , 37温 浴 1 h 去 除 RNA, 4 冰 箱 放 置 备 用 。6.2 总 DNA 质 量 检 测6.2.1 取 DNA 提 取 液 1.0L- 5.0L 于 新 的 1.5 mL 离 心 管 中 , 加 入 1TE 缓 冲 液 稀 释 至 1.0mL, 混 匀 后 转 入 石 英 比 色 皿 中 , 用 紫 外 分 光 光 度 计 测 定 OD260和 OD280下 的 光 密 度 值 ( O
12、D260: 紫 外 光 260nm 下 的光 密 度 值 ; OD280 : 紫 外 光 280 nm 下 的 光 密 度 值 ) 。 用 OD260/OD280 比 值 判 断 DNA 纯 度 , 比 值 在 1.81.9 之 间 表 明 DNA 纯 度 较 高 。 按 公 式 ( 1) 计 算 提 取 液 中 DNA 浓 度 。1000 50260 tODdsDNA .(1)式 ( 1) 中 :dsDNA: 双 链 DNA分 子 的 含 量 ( g/mL)OD 260: 紫 外 光 260 nm下 的 光 密 度 值t: 稀 释 倍 数6.2.2 总 DNA 浓 度 确 定 后 , 用 1
13、TE 缓 冲 液 将 所 提 取 的 总 DNA 稀 释 为 终 浓 度 50ng/L, 根 据 每 次 用 量分 装 , 置 -20 冰 箱 保 存 备 用 。6.3 PCR 反 应6.3.1 PCR 反 应 体 系在 冰 盘 中 或 4 条 件 下 , 按 表 1 所 列 成 分 及 其 用 量 , 顺 序 依 次 加 入 PCR 管 , 准 备 25.0L PCR 反 应体 系 。 表 1 PCR 反 应 体 系 成 分 用 量ddH2O 16.1 L10 PCR 缓 冲 液 2.5 LdNTPs (10 mM) 2.0 L正 向 引 物 (10 M) 1.0 L反 向 引 物 (10M
14、) 1.0 LTaq DNA 聚 合 酶 (2.5 U/L) 0.4 LDNA 模 板 (50 ng/L) 2.0 L DB5306/T712021 4 总 体 积 25.0 L注 : 供 1 个 样 品 、 1 对 引 物 检 测 , 25.0L6.3.2 反 应 程 序 :按 表 2程 序 设 置 PCR反 应 流 程 。 表 2 PCR 反 应 程 序反 应 程 序 时 间 备 注94 预 变 性 5 min94 变 性 1 min 退 火 1 min 不 同 引 物 所 需 的 退 火 温 度 见 附 录 C 表 C.172 延 伸 1 min循 环 次 数 35 次 变 性 退 火
15、延 伸 反 应 循 环 次 数72 延 伸 5 min4 终 止 反 应 PCR 产 物 放 置 在 4 冰 箱 中 保 存 备 用6.4 细 胞 质 标 记 检 测 用 琼 脂 糖 凝 胶 电 泳6.4.1 器 具 清 洗将 配 胶 、 电 泳 、 染 胶 所 需 要 的 器 具 清 洗 干 净 , 包 括 托 盘 、 胶 托 、 梳 子 、 电 泳 槽 、 染 胶 盘 。 清 洗 流 程为 : 先 用 自 来 水 冲 洗 三 次 , 然 后 用 纯 水 冲 洗 三 次 , 最 后 用 纸 巾 或 医 用 纱 布 擦 干 。6.4.2 酶 切 反 应 酶 切 体 系 ( 10L): 10Qu
16、ickCut Buffer 1L, 2U BamH I, PCR产 物 5L, 加 ddH2O至 10L, 混 匀 后于 30 水 浴 30min。6.4.3 配 胶制 备 好 的 凝 胶 需 平 整 、 不 漏 孔 , 方 可 用 于 电 泳 检 测 。 制 胶 按 下 列 顺 序 进 行 :1) 量 取 20mL 的 电 泳 缓 冲 液 1TAE 至 锥 形 瓶 中 。2) 再 称 取 0.4g 的 琼 脂 糖 倒 入 锥 形 瓶 中 , 摇 匀 并 用 保 鲜 膜 封 口 。3) 放 入 微 波 炉 中 以 40%火 力 加 热 60s, 取 出 摇 匀 , 再 次 放 入 微 波 炉
17、中 以 40%火 力 加 热 至 凝 胶 完 全溶 解 。 制 备 好 的 凝 胶 应 为 色 泽 均 匀 、 无 气 泡 。4) 将 制 备 好 的 凝 胶 放 入 65 的 水 浴 锅 中 , 待 凝 胶 冷 却 至 65 时 , 及 时 将 凝 胶 倒 入 装 配 好 的 干 净 胶槽 中 。5) 待 凝 胶 完 全 凝 固 后 , 将 胶 槽 小 心 转 移 至 4 冰 箱 , 冷 藏 30min 后 拔 出 梳 子 。6) 把 制 备 好 的 凝 胶 连 同 胶 托 一 起 放 入 电 泳 槽 正 中 央 , 胶 孔 的 方 向 朝 向 负 极 , 往 电 泳 槽 中 倒 入 电 泳
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