DB5132 T 88-2023 牦牛肉PCR-膜芯片技术检验方法.pdf

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1、ICS 07.080A 04DB5132四川省（阿坝藏族羌族自治州）地方标准DB 5132/T 882023牦牛肉 PCR膜芯片技术检验方法Identification of Yak Meat with PCR-membrane Chip Technology2023-10-26 发布2023-12-25 实施阿 坝 藏 族 羌 族 自 治 州 市 场 监 督 管 理 局发 布DB5132/T 882023I目 次前言.II引言.III1 范围.12 规范性引用文件.13 术语和定义、缩略语.13.1 术语和定义.13.2 缩略语.14 原理.25 设备与材料.26 主要试剂.27 实验用水.

2、28 检验步骤.28.1 PCR 引物及探针.28.2 样品处理与 DNA 提取.38.3 多重 PCR 反应体系.48.4 膜芯片制备.48.5 杂交显色.48.6 结果判读.59 结果表述.510 生物安全及检测过程中防止交叉污染的措施.5参考文献.7DB5132/T 882023II前 言本文件按照GB/T 1.12020标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则给出的规则起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由阿坝藏族羌族自治州农业农村局提出并归口。本文件起草单位：四川省龙日种畜场、西南民族大学、四川高原牦牛生态科技开发有限责任

3、公司、成都产品质量检验研究院有限责任公司、成都鸿宜瑞信息技术咨询有限公司。本文件主要起草人：何明珠、江明锋、史贇学、赵睿骁、蒲华荣。DB5132/T 882023III引 言本文件的发布机构提请注意,声明符合本文件时，可能涉及到专利号为ZL201910400450.2一种牦牛肉鉴定试剂盒相关的专利的使用。本文件的发布机构对于该专利的真实性、有效性和范围无任何立场。该专利持有人已向本文件的发布机构承诺。他愿意同任何申请人在合理且无歧视的条款和条件下，就专利授权许可进行谈判。该专利持有人的声明已在本文件的发布机构备案。相关信息可以通过以下联系方式获得:专利持有人姓名:江明锋(西南民族大学),文勇立

4、(西南民族大学),王誉(西南民族大学)。请注意：除上述专利外，本文件的某些内容仍可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。DB5132/T 8820231牦牛肉 PCR-膜芯片技术检验方法1范围本文件规定了牦牛肉动物源性成分的PCR-膜芯片技术检测方法。本文件适用于水牛、黄牛、猪、羊、鸡、兔、鸭、狗、牦牛肉及其制品的动物源性成分检测，检出限为1%。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T 682 分析实验室用水规格和试验方法GB/T 27403

5、 实验室质量控制规范 食品分子生物学检测GB/T 34796 水溶液中核酸的浓度和纯度检测3术语和定义、缩略语3.1术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1.1聚合酶链式反应polymerase chain reaction；PCR在DNA聚合酶催化下，以母链DNA为模板，以特定引物为伸起点，通过变性、退火、延伸等步骤，体外复制出与母链模板DNA互补的子链DNA的过程。3.1.2多重聚合酶链式反应multiplex PCR在同一PCR反应体系中加入两对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应。3.1.3膜芯片技术membrane Chip Technology将预先制备的DNA探针有序

6、的固定于尼龙膜表面，然后与标记的样品杂交，通过对杂交信号的检测分析，得出样品的遗传信息（基因序列及表达的信息）。3.2缩略语PCR：polymerase chain reaction；聚合酶链式反应DNA：Deoxyribo Nucleic Acid；脱氧核糖核苷酸SSC：Saline Sodium Citrate buffer；杂交印记缓冲液PCR Master Buffer：PCR缓冲液dNTP：deoxy-ribonucleoside triphosphate；脱氧核糖核苷三磷酸Taq Polymerase：Thermus aquaticus聚合酶DB5132/T 8820232SSPE

7、：核酸杂交缓冲液Mix：PCR的预混物，含有Taq酶、dNTP混合物、MgCl2及优化的缓冲体系ddH2O：双重蒸馏水4原理针对牦牛肉及市场常见假冒牦牛肉动物源性成分特异基因片段设计引物，对DNA模板进行多重聚合酶链式反应扩增，扩增产物与固定有目标基因特异性探针的膜芯片进行杂交，经化学显色后可在杂交点上形成肉眼可见的杂交信号。5设备与材料除实验室灭菌及常规设备外，其他设备和材料如下：5.1pH 计（0.01 级）5.2天平（感量 0.1g）5.3PCR 仪5.4生物安全柜5.5膜芯片杂交仪（MFS-8)5.6尼龙转印膜（厚度 6mm 孔径 0.45m 负电荷）6主要试剂6.1动物组织基因组 D

8、NA 提取试剂盒。6.215 SSC 缓冲液。6.3去活化液（100 mmol/L，NaOH）。6.4去活化清洗液（2SSPE，0.1%SDS）。6.5杂交清洗液（2SSPE，0.5%SDS）。6.6孵育液（碱性磷酸酶标记的链霉亲和素按 12 000 的比例加入孵育液中）。6.7孵育清洗液 1（2SSPE，0.5%SDS）。6.8孵育清洗液 2（0.3 mol/L NaCl、20 mmol/L NaH2PO4、20 mmol/EDTANa2，其 pH 为 7.4）。6.9显色液（BCIP/NBT、5-溴-4-氯-3-吲哚磷酸和氯化硝基四氮唑兰）。6.10PCR 引物及探针（引物浓度 20mol

9、/L、探针浓度 5mol/L）。6.11PCR Master Buffer（100 mmol/L Tris-HCl，15 mmol/L MgCl2，pH=8.0）。6.12dNTPs（100mol/L）。6.13Taq Polymerase（0.05U/L）。7实验用水实验用水符合GB/T 6682-2008分析实验室用水规格和试验方法 中一级水的要求。8检验步骤DB5132/T 88202338.1PCR 引物及探针引物和探针序列见表 1。表 1PCR 引物信息物种目的基因引物/探针序列（5-3）内参actin 基因F：5-GAGCGCAAGTACTCTGTGTGGAT-3R：5-bioti

10、n-AGAAGCATTTGCGGTGGACG-3探针:5-AminolinkerC6-TCCACCTTCCAGCAGATGTGGATCA-GCAAGCAGGAGTA-3猪COX I 基因F：5-GCTTCATCTTCCTATTCACCGT-3R：5-biotin-GTAATACAATGTCTAGGGAG-3探针：5-AminolinkerC6-TCCACCTTCCAGCAGATGTGGATCAGCAAGCAGGAGTA-3山羊cyt b 基因F：5-TATGCATGTAGGACGAGGCCTATA-3R：5-biotin-ATTCATTCGACTAGGTTTGTGCC-3探针：5-Aminol

11、inkerC6-TACCATGAGGACAAATATCATT-3黄牛12S rRNAF：5-GTGACAAAAATTAAGCCATAAACGA-3R：5-biotin-TCATGGCTTTTTACAGCTTGGT-3探针：5-AminolinkerC6-AAAGCACCATACCAAATAGGGT-3水牛12S rRNAF：5-GTGACAAAAATTAAGCCATAAACGA-3R：5-biotin-GCTGTTATAGAGTCACTTTCGTTGC-3探针：5-AminolinkerC6-AAGCACACCGCTAAATAGAGTTA-3牦牛12S rRNAF：5-GATACCCCACTA

12、TGCTTAGCC-3R：5-biotin-ATTTCATAATAACTTTCGTGCA-3探针：5-AminolinkerC6-TACACTAAGAGAACCAATGCA-3鸭12S rRNAF：5-GATACCCCACTATGCTTAGCC-3R：5-biotin-AAGGGGCGGTTGGGTTG-3探针：5-AminolinkerC6-CCTGTTCTGTAATCGACGATCCACG-3狗12S rRNAF：5-GATACCCCACTATGCTTAGCC-3R：5-biotin-ACATTCGTGAAATGTTCTTGG-3探针：5-AminolinkerC6-GTAACTTATGA

13、GGTGGGAAGAA-3兔12S rRNAF：5-GATACCCCACTATGCTTAGCC-3R：5-biotin-ACCTAACGTTTTTACGGTGG-3探针：5-AminolinkerC6-AACCCTACCACTCTTTGCCAACTCAGCC-3鸡12S rRNAF：5-GATACCCCACTATGCTTAGCC-3R：5-biotin-GCTATTGAGCTCACTGTTGTT-3探针：5-AminolinkerC6-CCAGCACAGCCTACATACCGC-3DB5132/T 88202348.2样品处理与 DNA 提取抽取牦牛鲜肉（牦牛肉制品）经制备后，使用动物组织基因

14、组DNA提取试剂盒提取并纯化DNA。8.2.1DNA 浓度按GB/T 34796 水溶液中核酸的浓度和纯度检测规定的方法进行，DNA的浓度 10%。8.3多重 PCR 反应体系以 8.2 中提取并纯化后的DNA为模板，在 20L 体系中加入 Mix 酶 10 L、正向引物（20 mol/L）0.5 L、反向引物（20 mol/L）0.5 L、模板 DNA 100 ng、ddH2O 8 L，按以下条件进行扩增：95预变性 10 min；94变性 30 s、60退火 15 s、72 延伸 15 s、33 个循环；72延伸 3 min。得到扩增产物。8.4膜芯片制备将尼龙转印膜制备成 1.2 cm1

15、.8 cm的膜条，将裁好的尼龙膜放置于双蒸水中浸泡 15 min，再用15SSC 浸泡 15 min，取出放在滤纸上 60烘干，待尼龙膜降温至室温，按顺序加入内参探针（5 mol/L）、检测探针（5 mol/L）、阳性探针 PC（5 mol/L）以及阴性探针 NC（5 mol/L）（图 1）。图 1芯片点样模式图8.5杂交显色1)PCR 产物变性：PCR 产物 95 5 min 使其解链，放置冰上备用。2)将 PCR 变形产物加入膜芯片杂交仪中,并开始杂交程序。3)膜芯片去活化：将制备好的膜芯片放入杂交盒内，芯片标签正面朝上，加入 1 mL 去活化液 37孵育 8min。4)洗膜：加入 1 m

16、L 去活化清洗液 60洗脱 5 min。5)杂交：将变性后的 PCR 产物与 1 mL 杂交液充分混匀，放入水平摇床 45，90 r/min 孵育 45 min。DB5132/T 88202356)洗膜：吸除杂交体系液，加入 1 mL 预热好的杂交清洗液，水平摇床 52，90 r/min，震荡清洗 5 min，洗涤 2 次。7)孵育：吸除杂交清洗液，加入预热好的酶孵育液，42水平摇床 90 r/min，震荡孵育 30min。8)洗膜：吸除酶孵育液，加入 1mL 预热好的孵育清洗液 1，42水平摇床 90 r/min，震荡清洗 5 min，洗涤 2 次；吸除孵育清洗液 1，加入 1 mL 预热好

17、的孵育清洗液 2，37水平摇床 90r/min，震荡清洗 5 min，洗涤 2 次。9)显色：吸除孵育清洗液 2，加入 1 mL 显色液，37静置 15min，吸除显色液，加入 1 mL去离子水 37洗涤 2 次，待膜芯片干燥后进行结果判读。具体流程如表 2 所示。表 2杂交流程表程序名称试剂名称温度/时间/min去活化去活化液378去活化清洗去活化清洗液605杂交杂交液4545杂交清洗杂交清洗液525杂交清洗杂交清洗液525酶孵育孵育液4230孵育清洗 1孵育清洗液 1425孵育清洗 1孵育清洗液 1425孵育清洗 2孵育清洗液 2375孵育清洗 2孵育清洗液 2375显色显色液3715显色

18、清洗去离子水375显色清洗去离子水375结果判读根据杂交点显色情况进行结果判读。8.6结果判读表 3膜芯片结果判定结果类型内参基因PCNC靶基因结果判定1-杂交失败，重复试验2-+-PCR扩增失败，重复试验3+-样品中不含本标准中9中动物源性成分4+-+样品中含有与阳性信号点对应的动物源性成分注：“+”为阳性，“-”为阴性。9结果表述9.1牦牛点显色，表述为“检出牦牛成分”；牦牛点未显色，表述为“未检出牦牛成分”。9.2牦牛点与其他靶基因点同时显色，表述为“检出牦牛成分，且混有显色点动物源性成分”。DB5132/T 882023610生物安全及检测过程中防止交叉污染的措施按照GB/T 27403-2008实验室质量控制规范 食品分子生物学检测的规定执行。DB5132/T 8820237参 考 文 献生物技术通报2020.36（01）：202208PCR膜芯片技术在牦牛及犏牛肉制品的真假鉴定中的应用_