LY T 3267-2021 白蜡属品种鉴定技术规程 SSR分子标记法.pdf
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1、 ICS 65.020 CCS B 中华人民共和国 林业 行业标准 LY/T XXXXX XXXX LY 白蜡属品种鉴定技术规程 SSR 分子标记 法 Technical regulations for the identification of Fraxinus cultivars SSR marker method (点击此处添加与国际标准一致性程度的标识 ) (报批稿) 2019-11 在提交反馈意见时,请将您知道的相关专利连同支持性文件一并附上。 XXXX - XX - XX 发布 XXXX - XX - XX 实施 国家 林业和草原局 发 布 LY/T XXXXX XXXX II 前
2、 言 本文件按照 GB/T 1.1 2020标准化工作导则 第 1部分:标准化文件的结构和起草规则的规定 起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别这些专利的责任。 本文件由 全国林木种子标准化技术委 员会( SAC/TC 115) 归口。 本文件起草单位: 山东省林业科学研究院、山东省林木种苗和花卉站、山东农业大学、山东华博基 因工程有限公司。 本文件主要起草人: 燕丽萍、吴德军、王因花、刘翠兰、 李丽、 臧真荣、李善文、王开芳、姚俊修、 任飞、李庆华、周继磊、李际红。 LY/T XXXXX XXXX 1 白蜡属品种鉴定技术规程 SSR 分子标记法 1 范围 本文
3、件 确立了 利用 SSR指纹图谱对白蜡属品种 鉴定的程序。 本文件适用于以白蜡 属 ( Fraxinus) 品种 幼嫩组织(叶片,芽等)为材料,利用 SSR指纹图谱 对 白 蜡属品种的鉴定。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。其中,注日期的引用文件, 仅该日期对应的版本适用于本文件;不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本 文件。 LY/T 2745 仁用杏品种鉴定技术规程 SSR分子标记法 3 术语和定义 LY/T 2745界定的以及下列术语和定义适用于本文件。 3.1 待检品种 test cultivar 待鉴定的白蜡属品
4、种,由送检人提供。 3.2 简单重复序列 simple sequence repeats 基因组中由 1 个至 6 个核苷酸组成的 DNA 串联重复序列,简称 SSR。 3.3 基因型频率 genotype frequency 群体中某一位点特定基因型个体数占全部个体数的百分比。 4 原理 本 文件 选用通过转录组测序获得的 17对高度多态性的 EST-SSR引物,用于白蜡 属 品种的遗传鉴定。 在检测过程中,采用真实品种的 DNA模板做为 对照品种 ,从待检苗木中抽样做为待检 品种 。利用 SSR引物 进行扩增, 将待测品种与对照品种的 SSR指纹对比结果进行分析, 若待检 品种 与 对照品
5、种 在任一引物扩 增位点上基因型不同,则可判定待检 品种 与标准 品种 不是同一品种。 当不同引物扩增位点上基因型都相 同时,可根据标准样品在不同位点上的基因型频率乘积,计算出待检品种与对照品种是同一品种的概率。 5 主要仪器和设备 仪器设备见附录 A。 LY/T XXXXX XXXX 2 6 试剂与溶液 主要试剂与溶液配置方法见附录 B。 7 操作程序 7.1 样品 选用白蜡属不同品种幼嫩叶片、嫩芽等组织 0.2 g,提取基因组 DNA。本文件选用已通过国外和国内 审(认)定的白蜡优良品种,见附录 C。 7.2 DNA 的提取、纯化及定量 7.2.1 CTAB法提取 DNA CTAB法提取
6、DNA的步骤如下。 a) 将配制好的 CTAB 提取缓冲液置于 65 的水浴锅中预热 30 min,氯仿 :异戊醇 (24:1 )、无水乙 醇、 70%乙醇置于 -20 冰箱预冷备用,研钵需提前预冷,使用前再用少量液氮预冷。 b) 取 0.4 g 0.5 g白蜡幼叶,搁置于研砵中,加入约 30 mL的液氮研磨至粉末状,迅速转入 2 mL离 心管中,加入 600 L 2%的 CTAB 提取液(含 2% -巯基乙醇),充分混匀。在 65 的水浴锅中 水浴 30 min,其间轻轻颠倒 3 4次。 c) 冷至室温后加入 600 L的氯仿:异戊醇 (24: 1)抽提 10 min,其间不停地轻轻地摇动,
7、冷却至 室温,在 12 000 r/min 离心 10 min。 d) 将上清液(约 500 L)转入另一离心管中,加等体积氯仿:异戊醇 (24:1)重复步骤 c)。 e) 取出上清液并移到另一个干净的 1.5 mL的离心管中,再加 0.7体积的异丙醇并颠倒混匀沉淀 DNA, 出现絮状 DNA, -20 放置 1 h,观察沉淀生成。 f) 8000 rmp室温离心 5 min,倒掉上清液,沉淀用 1 mL75%的酒精洗涤两次,超净工作台静置乙醇 挥发干净。 g) 待 DNA风干后 ( DNA不宜过分 干燥,否则极难溶解 ),用 50 l的 TE pH 8.0或超纯水溶解, 4 放置 6 h 1
8、2 h使其充分溶解。 h) 加入 2 L RNA酶 10 mg/mL, 37 水浴 1 h。 i) 等体积苯酚 -氯仿 -异戊醇去蛋白一次,氯仿 -异戊醇去蛋白一次,上层水相中加入 1/10体积的 3 M NaAc,两倍体积的无 水乙醇,混匀 -20 放置 1到 2 h,离心,干燥 DNA,溶于 30 L TE中; -80 保存备用。 7.2.2 DNA定量和质量检测 DNA定量和质量检测的步骤如下。 a) 取 2 LDNA用微 量核酸蛋白检测仪检测,可以直接读出 DNA浓度和 A260/A280的比值,比值在 1.8 2.0之间符合要求。 b) 另取取 3 L DNA加等体积 0.2的溴酚蓝
9、,在 0.8%琼脂糖凝胶上电泳 15 min 20 min,稳压 100 V, 电泳缓冲液为 1 TBE, 325 nm紫外灯下观察,照相,通过与标准溶液的荧光进行比较估测未知 DNA的浓度。 c) 植物总 DNA样品呈现一条相对分子量较大而迁移速率很小的清晰条带。 d) 将样品 DNA用 TE稀释成浓度为 20 ng/ L临时保存 -20 保存备用,干燥 DNA长期保存在 -80 保存备用。 LY/T XXXXX XXXX 3 7.3 SSR 分析步骤 7.3.1 SSR引物序列表见附录 D。 7.3.2 PCR反应体系为 10 L,具体见表 1。 表 1 PCR 扩增体系 试剂 浓度 一个
10、反应所需用量 L Mix 2 倍 5 Primer ( F/R) 10 M 0.1/0.1 DNA 20 ng/L 1 H2O 3.8 7.3.3 反应液加入到 PCR板后,将 PCR板用乳胶盖盖好后放入 PCR仪中, PCR的反应程序如下。 a) 95 预变性 5 min。 b) 95 变性 30 s, 52 退火 30 s, 72 延伸 30 s, 95 变性 30 s, 50 退火 30 s, 72 延伸 30 s,共 20个循环。 c) 最后 72 延伸 10 min, 4 时 10 min终止反应。 7.3.4 PCR产物变性步骤。 a) PCR产物用双蒸水稀释 10 20倍。 b)
11、 取 PCR 产物 0.3 L、分子量内标 0.5 L和去离子甲酰胺 9.5 L混匀加入 PCR板。 c) 在 PCR仪上运行变性程序: 95 变性 5 min, 4 冷却后离心, 1 Buffer缓冲液上机检测。 7.3.5 PCR产物检测步骤。 a) PCR产物检测采用 DNA基因分析仪。 b) 毛细管的空间校正(新安装的毛细管只要进行一次校正即可)。选择空间校正程序,根据毛细 管是否已经灌胶,选择相应的程序,然后点击开始。空间校正后每个毛细管会有一个峰图,如 果每个毛细管峰值大小基本一致,且每个峰上都有一个“十”,则代表校正通过。 c) 仪器的光谱校正( 新安装的毛细管只要进行一次校正即
12、可)。取 5 L Multi-Capillary DS-30 加入 195 L高纯度甲酰胺,混匀后分装到 96孔板 A1-H1和 A2-H2孔, 95 变性 5 min,放冰上迅 速冷却。利用光谱校正程序进行光谱校正,选择校正所用的样品型号,然后点击开始校正结束 后通过校正文件图来判断是否正确。根据 DS-30中的标样,如果峰图颜色的顺序是蓝、绿、黄、 红,并且峰图清晰、峰型一致则代表光谱校正通过。 d) 采用片段分析程序,选择片段分析模式以及光谱校正所用试剂盒的类型。创建一个自动分析模 板, 填写分析样品的名称,选择样品的类型、内标类别、分析方法等。将变性好的 PCR产物盖 上仪器自带的 P
13、CR板盖后,放入仪器中,用软件中将 PCR板链接到仪器,点击开始进行基因型分 型。 8 待检样品检测的一般程序 对待检品种和对照品种以附录 D中的引物进行标记检测,获得待检品种和对照品种在这些位点的等 位变异数据,利用这些数据进行比较,判定方法如下。 a) 随机选取一引物,对待检品种进行 PCR扩增。 LY/T XXXXX XXXX 4 b) 将扩增得到的条带和附录 E中的标准谱带相比较,若待检品种与对照品种在任一引物扩增位点 上基因型不同,则可判定待检样品与标准 样品不是同一品种;当待检样品与标准样在不同引物 扩增位点基因型都相同时,即可认定该待检样品和标准样品为同一品种。 c) 根据基因型
14、频率判定所鉴定品种真实性的准确率,参见附录 F。 d) 根据判定结果,填写白蜡样品 DNA指纹图谱鉴定报告书(报告书格式见附录 G)。 LY/T XXXXX XXXX 5 A A 附录 A (资料性) 主要仪器设备 主要仪器设备包括: PCR扩增仪; 离心机( 14 000 r/min); 微量核酸蛋白检测仪(波长范围: 190 nm 840 nm,波长精度 1 nm,检测范围 2 ng/ L 75 000 ng/ L); 微量可调移液器 1套( 2.5 L、 10 L、 100 L、 1 000 L); 电泳仪( 3 000 V连续可调, 0 mA 400 mA); 紫外分析仪(反射紫外光源
15、波长: 254 nm、 365 nm,透射紫外光源波长: 312 nm); 毛细管电泳仪(紫外检测波长: 220 nm,加电电压: 12 Kv,注射泵流速: 2 L/min,分离毛 细管:内径 50 m,总长 70 cm,有效长度 40 cm); 涡旋仪; 混合型研磨仪; 基因分析仪(测序速度 35 min,读长范围 800 bp,检测准确性 99.99%)。 LY/T XXXXX XXXX 6 附录 B (资料性) 主要试剂与溶液配制 B.1 0.5 mol/L EDTA-Na2( pH 8.0)溶液 称取 186.1 g 乙二胺四乙酸二钠( Na2EDTA-2H2O)溶于 800 mL 超
16、纯水,加入氢氧化钠( NaOH)调节 pH至 8.0,用超纯水定容至 1 L,分装后高压灭菌,室温保存。 B.2 1 mol/L Tris-HCl( pH 8.0)溶液 称取 121.1 g三羟甲基氨基甲烷( Tris)溶解于 800 mL水中,用 30%(体积分数)的盐酸( HCl)将 pH 调至 8.0,用超纯水定容至 1 L,分装后高压灭菌,室温保存。 B.3 5 mol/L NaCl溶液 称取 58.44 g氯化钠( NaCl)溶于 150 mL水中,定容至 200 mL,高压灭菌,室温保存。 B.4 三氯甲烷 /异戊醇( 24:1) 240 mL三氯甲烷和 10 mL异戊醇,混匀后在
17、棕色瓶中室温保存。 B.5 CTAB提取缓冲液 缓冲液成分为 2%(质量浓度)溴代十六烷基三甲胺( CTAB)、 100 mmol/L Tris-HCl( 1 mol/L pH8.0)、 20 mmol/L EDTA( 0.5 mol/L pH8.0)、 1.4 mol/L NaCl( 5 mol/L)、 5%PVP、 300 mmol/L -巯基乙醇。 在 50 mL超纯水中加入 2 g CTAB,搅动溶解后,加入 10 mL 1 mol/L Tris-HCl( pH 8.0)、 4 mL 0.5 mol/L EDTA( pH 8.0)、 28 mL 5 mol/L NaCl, 5 g PV
18、P-40粉末、 2 mL -巯基乙醇(用前加入),定容至 100 mL, 室温保存。 B.6 TE( pH 8.0)缓冲液 取 1 mol/L Tris-HCl( pH 8.0) 1 mL, 0.5 mol/L EDTA( pH 8.0) 0.2 mL,用双蒸水定容至 100 mL, 高压灭菌, 4 保存。 B.7 TBE缓冲液( 10) 称取 108 Tris碱和 55 g硼酸,加入 40 mL 0.5 mol/L EDTA( pH8.0),用 800 mL双蒸水定容至 1 ,高 压灭菌。 B.8 EB( 1 mg/mL)溶液 取 0.05 g溴化乙锭( EB)用 50 mL双蒸水溶解,用铝
19、箔或黑纸包裹容器,室温保存,工作浓度为 1 mg/mL。 LY/T XXXXX XXXX 7 附录 C (资料性) 本 文件 选用的白蜡品种 本文件选用的白蜡品种见表 C.1。 表 C.1 本标准选用的白蜡品种表 编号 品种名称 编号 品种名称 B1 鲁蜡 6 号, Fraxinus pennsylvanica Lu la Liu hao B11 地图白蜡, Fraxinus excelsior Atlas B2 金箭, Fraxinus velutina JinJian B12 秋欢白蜡, Fraxinus americana Autumn Appause B3 鲁蜡 1 号, Fraxin
20、us velutina LulaYi hao B13 垂枝白蜡, Fraxinus excelsior Aurea Pendula B4 冬红白蜡, Fraxinus angustifolia Dong hong B14 柱形白蜡, Fraxinus excelsior Skyline B5 鲁蜡 2 号, Fraxinus velutina Lula Er hao B15 秋火白蜡, Fraxinus americana Autumn Fire B6 红叶白蜡, Fraxinus americana Hong Ye B16 青碧, Fraxinus velutina Qing Bi B7 鲁
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