DB5301 T 26-2019 马铃薯品种鉴定----分子标记检测.pdf
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1、ICS 65.020.01B05 DB5301昆 明 市 地 方 标 准DB5301/T 262019代 替 DG5301/T 26-2017马 铃 薯 品 种 真 实 性 和 种 薯 纯 度 鉴 定DNA分 子 标 记 2019-12-01发 布 2019-12-01实 施昆 明 市 市 场 监 督 管 理 局 发 布 DB5301/T 262019 I 前 言本 标 准 按 照 GB/T 1.1-2009 标 准 化 工 作 导 则 第 1部 分 : 标 准 的 结 构 和 编 写 给 出 的 规 则 起 草 。本 标 准 由 昆 明 市 农 业 局 提 出 并 归 口 。本 标 准 起
2、草 单 位 : 云 南 师 范 大 学 马 铃 薯 科 学 研 究 院 、 昆 明 市 农 业 科 学 研 究 院 。本 标 准 主 要 起 草 人 : 唐 唯 、 易 靖 、 李 灿 辉 、 朱 维 贤 、 段 晓 艳 、 郝 大 海 、 刘 卫 民 、 邹 万 君 、 李 华 、张 仲 平 、 李 明 富 、 张 丽 芳 、 蒋 瑜 、 杨 春 利 。本 标 准 代 替 了 DG5301/T 26-2017。 DB5301/T 262019 1 马 铃 薯 品 种 真 实 性 和 种 薯 纯 度 鉴 定 DNA 分 子 标 记1 范 围本 标 准 规 定 了 DNA分 子 标 记 鉴 定
3、马 铃 薯 ( Solanum tuberosum L.) 品 种 的 方 法 。本 标 准 适 用 于 马 铃 薯 品 种 真 实 性 鉴 定 和 种 薯 纯 度 检 测 。2 规 范 性 引 用 文 件下 列 文 件 对 于 本 文 件 的 应 用 是 必 不 可 少 的 。 凡 是 注 日 期 的 引 用 文 件 , 仅 所 注 日 期 的 版 本 适 用 于本 文 件 。 凡 是 不 注 日 期 的 引 用 文 件 , 其 最 新 版 本 ( 包 括 所 有 的 修 改 单 ) 适 用 于 本 文 件 。GB 18133 马 铃 薯 种 薯 GB/T 28660 马 铃 薯 种 薯 真
4、 实 性 和 纯 度 鉴 定 SSR分 子 标 记3 术 语 和 定 义GB/T 28660和 以 下 术 语 及 定 义 适 用 于 本 文 件 。3.1 简 单 序 列 重 复基 因 组 中 由 1 6个 核 苷 酸 残 基 组 成 的 基 本 单 位 串 联 多 次 重 复 构 成 的 DNA序 列 。GB/T 28660, 定 义 3.13.2 聚 合 酶 链 式 反 应在 耐 热 DNA聚 合 酶 作 用 下 , 于 体 外 快 速 大 量 特 异 性 扩 增 特 定 DNA序 列 的 方 法 。GB/T 28660, 定 义 3.2 3.3 毛 细 管 电 泳是 一 类 以 毛 细
5、 管 为 分 离 通 道 、 以 高 压 直 流 电 场 为 驱 动 力 的 新 型 液 相 分 离 技 术 。3.4 DNA 分 子 标 记能 反 映 生 物 个 体 或 种 群 间 基 因 组 中 某 种 差 异 的 特 异 性 DNA片 段 。3.5 标 准 品 种按 国 家 农 作 物 品 种 审 定 标 准 认 定 的 品 种 。4 仪 器 用 具 、 试 剂 和 软 件4.1 仪 器 及 用 具 用 本 方 法 进 行 试 验 时 , 需 要 仪 器 、 用 具 如 下 : DB5301/ 262019 2 PCR仪 ( 96 孔 , 梯 度 ) ; 低 温 高 速 离 心 机 (
6、 4 , 16 000 rpm/min) ; 冰 箱 ( -20 , -80 ) ; 制 冰 机 (200 kg/天 300 kg/天 ); 高 压 灭 菌 器 ( 121 , 0.15 MPa) ; 微 量 移 液 器 ( 0.5 L 10 L、 10 L 100 L、 100 L 1 000 L) 及 配 套 的 枪 头 ; 凝 胶 成 像 仪 ; 电 泳 仪 ; 水 平 电 泳 槽 ; 基 因 分 析 仪 ( Genetic Analyzer, ABI 3500/3730 xl 系 列 ) ; 紫 外 可 见 分 光 光 度 计 ( 190 nm 1 100 nm) ; 0.2 mL P
7、CR管 ; 96孔 测 序 板 ; 石 英 比 色 皿 。4.2 试 剂用 本 方 法 进 行 试 验 时 , 需 要 试 剂 如 下 : 常 用 贮 备 液 ( 制 备 方 法 见 附 录 A) ; DNA提 取 试 剂 ( 制 备 方 法 见 附 录 B) ; DNA分 子 标 记 引 物 ( 见 附 录 C) ; Taq DNA 聚 合 酶 ( Taq DNA polymerase) 和 配 套 的 PCR 缓 冲 液 ; 1 000 bp DNA Marker; 无 DNA酶 的 RNA酶 A( DNase-free RNase A) ( 10 mg/mL) ; 异 丙 醇 ; 乙 醇
8、 ( 70%) ; 灭 菌 双 蒸 水 ( ddH 2O) ; 甲 酰 胺 ( HIDI) ; 分 子 量 内 标 ( GeneScan 500LIZ) ; EB染 液 ( 100 mL 1 TAE + 5 L EB染 料 ) 。4.3 软 件用 本 方 法 进 行 试 验 时 , 需 要 软 件 如 下 : Data Collection 4.0( ABI) ; GeneMarker 2.09 (ABI); GeneMapper 4.0 (ABI); Microsoft Excel 2013 (Microsoft corporation)。5 供 试 材 料 5.1 取 样 : 按 照 GB
9、 18133取 样 所 述 方 法 进 行 , 采 集 大 田 植 株 叶 片 或 块 茎 作 为 检 测 样 品 。5.2 样 品 保 存 : 选 取 适 量 样 品 , 装 入 冻 存 管 , 液 氮 速 冻 , 置 冰 箱 ( -80 以 下 ) 中 保 存 备 用 ( 有 效 保存 期 小 于 等 于 6 个 月 ) 。 DB5301/T 262019 3 6 鉴 定 程 序6.1 总 DNA 提 取按 下 列 顺 序 进 行a) 称 取 100 mg 待 测 样 品 , 置 于 预 冷 2.0 mL离 心 管 中 , 液 氮 冷 冻 下 迅 速 研 磨 成 细 粉 。b) 依 次 加
10、 入 700 L 的 两 倍 十 六 烷 基 三 甲 基 溴 化 铵 缓 冲 液 ( CTAB缓 冲 液 ) ( 见 附 录 B 表 B.1) 和2 L 的 -巯 基 乙 醇 涡 旋 混 匀 。 置 65 水 浴 1 h, 期 间 每 隔 10 min摇 动 混 匀 一 次 。c) 冰 上 冷 却 约 10 min后 , 加 入 700 L的 氯 仿 : 异 戊 醇 ( 24:1) 混 合 液 ( 见 附 录 B表 B.2) , 涡旋 混 合 ,轻 缓 颠 倒 混 匀 数 次 。d) 12 000 rpm 离 心 5 min。 吸 取 上 层 水 相 至 新 1.5 mL 离 心 管 中 ,
11、加 入 等 体 积 ( 400 L 500 L)的 预 冷 异 丙 醇 。 轻 缓 颠 倒 混 匀 。e) 4 冰 箱 静 置 30 min 后 , 12 000 rpm离 心 15 min。 弃 上 清 液 。 f) 向 离 心 管 中 加 入 70%乙 醇 1.0 mL, 静 置 3 min后 , 12 000 rpm离 心 20 min。g) 小 心 倒 出 70%乙 醇 , 再 加 入 90%乙 醇 1.0 mL, 静 置 5 min 后 , 12 000 rpm离 心 10 min, 小 心倒 去 乙 醇 。h) 在 干 净 的 吸 水 纸 上 倒 置 离 心 管 , 自 然 干 燥
12、 15 min。i) 晾 干 的 DNA, 应 为 透 明 状 。 加 入 100 L的 1 TE 缓 冲 液 , 将 十 倍 三 羟 甲 基 氨 基 甲 烷 -乙 二 胺 四乙 酸 缓 冲 液 ( EDTA 缓 冲 液 ) ( 见 附 录 B 表 B.3) 稀 释 10 倍 并 灭 菌 溶 解 DNA, 再 加 入 2 L 的无 DNA酶 的 RNA酶 A( 10 mg/mL) 。 37 温 浴 1 h 去 除 RNA。 4 冰 箱 放 置 备 用 。6.2 总 DNA 质 量 鉴 定6.2.1 取 DNA提 取 液 1.0 L 5.0 L于 新 的 1.5 mL离 心 管 中 , 加 入
13、1 TE缓 冲 液 稀 释 至 1.0 mL,混 匀 后 转 入 石 英 比 色 皿 中 , 用 紫 外 分 光 光 度 计 测 定 OD 260和 OD280下 的 光 密 度 值 ( OD260: 紫 外 光 260 nm 下的 光 密 度 值 ; OD280: 紫 外 光 280nm 下 的 光 密 度 值 ) 。 用 OD260/OD280 比 值 判 断 DNA纯 度 , 比 值 在 1.8 1.9之 间 表 明 DNA纯 度 较 高 。 按 公 式 ( 1) 计 算 提 取 液 中 DNA浓 度 。1000 50260 tODdsDNA .(1)式 中 :dsDNA双 链 DNA分
14、 子 的 含 量 ( g/mL) ;OD 260紫 外 光 260 nm下 的 光 密 度 值 ;t稀 释 倍 数 。6.2.2 总 DNA浓 度 确 定 后 , 用 1 TE缓 冲 液 将 所 提 取 的 总 DNA 稀 释 为 终 浓 度 50 ng/ L, 根 据 每 次 用量 分 装 , 置 -20 冰 箱 保 存 备 用 。6.3 PCR反 应6.3.1 PCR反 应 体 系在 冰 盘 中 或 4 条 件 下 , 按 表 1所 列 成 分 及 其 用 量 , 顺 序 依 次 加 入 PCR管 , 准 备 25.0 L PCR反 应 体 系 。 DB5301/ 262019 4 表 1
15、 PCR反 应 体 系成 分 用 量ddH2O 16.1 L10 PCR 缓 冲 液 2.5 LdNTPs (10 mM) 2.0 L正 向 引 物 (10 M) 1.0 L反 向 引 物 (10M) 1.0 LTaq DNA 聚 合 酶 (2.5 U/L) 0.4 LDNA 模 板 (50 ng/L) 2.0 L总 体 积 25.0 L 注 : 供 1个 样 品 、 1 对 引 物 检 测 , 25L6.3.2 反 应 程 序 :按 表 2程 序 设 置 PCR反 应 流 程 。 表 2 PCR反 应 程 序反 应 程 序 时 间 备 注94 预 变 性 5 min94 变 性 1 min退
16、 火 1 min 不 同 引 物 所 需 的 退 火 温 度 见 附 录 C 表 C.172 延 伸 1 min 循 环 次 数 35次 变 性 退 火 延 伸 反 应 循 环 次 数72 延 伸 5 min4 终 止 反 应 PCR产 物 放 置 在 4 冰 箱 中 保 存 备 用6.4 细 胞 质 标 记 检 测 用 琼 脂 糖 凝 胶 电 泳6.4.1 器 具 清 洗首 先 将 配 胶 、 电 泳 、 染 胶 所 需 要 的 器 具 清 洗 干 净 , 包 括 托 盘 、 胶 托 、 梳 子 、 电 泳 槽 、 染 胶 盘 ( EB污 染 , 需 独 立 清 洗 ) 。 清 洗 流 程
17、为 : 先 用 自 来 水 冲 洗 三 次 , 然 后 用 纯 水 冲 洗 三 次 , 最 后 用 纸 巾 或 医用 纱 布 擦 干 。6.4.2 配 胶制 备 好 的 凝 胶 需 平 整 、 不 漏 孔 , 方 可 用 于 电 泳 检 测 。 制 胶 按 下 列 顺 序 进 行 : a) 量 取 20 mL 的 电 泳 缓 冲 液 1 TAE至 锥 形 瓶 中 ;b) 再 称 取 0.4g 的 琼 脂 糖 倒 入 锥 形 瓶 中 , 摇 匀 并 用 保 鲜 膜 封 口 ;c) 放 入 微 波 炉 中 以 40 %火 力 加 热 60 s, 取 出 摇 匀 , 再 次 放 入 微 波 炉 中
18、以 40 % 火 力 加 热 至 凝 胶完 全 溶 解 。 制 备 好 的 凝 胶 应 为 色 泽 均 匀 、 无 气 泡 ;d) 将 制 备 好 的 凝 胶 放 入 65 的 水 浴 锅 中 , 待 凝 胶 冷 却 至 65 时 , 及 时 将 凝 胶 倒 入 装 配 好 的 干净 胶 槽 中 ;e) 待 凝 胶 完 全 凝 固 后 , 将 胶 槽 小 心 转 移 至 4 冰 箱 , 冷 藏 30 min后 拔 出 梳 子 ; DB5301/T 262019 5 f) 把 制 备 好 的 凝 胶 连 同 胶 托 一 起 放 入 电 泳 槽 正 中 央 , 胶 孔 的 方 向 朝 向 负 极
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